東京地方裁判所 平成７年（行ウ）２６６号 判決 2000年7月13日
原告 佐藤行雄 ほか二名
被告 武蔵府中税務署長 ほか二名
代理人 岩渕正紀 小池充夫 笹崎好一郎 ほか三名
主文
一 原告佐藤行雄の主位的請求及びその余の原告らの請求をいずれも棄却する。
二 原告佐藤行雄の予備的請求に係る訴えを却下する。
三 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第一当事者の求めた裁判
一 請求の趣旨
１ 被告武蔵府中税務署長に対する原告佐藤行雄の請求
（一） 主位的請求
被告武蔵府中税務署長が原告佐藤行雄に対し平成三年三月一二日付けでした同原告の昭和六二年分の所得税に係る更正処分のうち、納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円を超える部分を取り消す。
（二） 予備的請求
被告武蔵府中税務署長が原告佐藤行雄に対し平成三年三月一二日付けでした同原告の昭和六二年分の所得税に係る更正処分のうち、還付金に相当する金額七二八三万八二三七円を超える部分を取り消す。
２ 被告渋谷税務署長（被告武蔵府中税務署長の権限・事務の承継者。以下同じ）に対する原告佐藤俊行の請求
被告武蔵府中税務署長が原告佐藤俊行に対し平成三年三月一二日付けでした同原告の昭和六二年分の所得税に係る更正処分（ただし、平成七年七月四日付けの裁決によって一部取り消された後もの）のうち、納付すべき税額四億二五九五万〇六〇〇円を超える部分を取り消す。
３ 被告新宿税務署長対する原告第一不動産株式会社の請求
被告新宿税務署長が原告第一不動産株式会社に対し平成三年三月一八日付でした昭和六二年三月分の支払給与に係る源泉徴収所得税に係る納税告知処分（ただし、平成七年七月四日付けの裁決によって一部取り消された後のもの）を取り消す。
二 請求の趣旨に対する答弁
１ 被告武蔵府中税務署長
（一） 原告佐藤行雄の主位的請求を棄却する。
（二）(1) 原告佐藤行雄の予備的請求に係る訴えのうち、被告武蔵府中税務署長が原告佐藤行雄に対し平成三年三月一二日付けでした昭和六二年分の所得税に係る更正処分の納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円以下について取消を求める部分を却下する。
(2) 被告佐藤行雄のその余の予備的請求を棄却する。
２ 被告渋谷税務署長
原告佐藤俊行の請求を棄却する。
３ 被告新宿税務署長
原告第一不動産株式会社の請求を棄却する。
第二事案の概要
本件は、昭和六二年分の所得税の課税に関して、<１>原告第一不動産株式会社（以下「原告会社」という。）が、原告佐藤行雄（以下「原告行雄」という。）に対して、原告会社が保有する株式会社第一コーポレーション（当時の商号は株式会社住宅流通センター。以下「第一コーポ」という。）の株式を譲渡したこと、<２>原告会社が原告行雄に対し二〇〇万株の新株を、原告佐藤俊行（以下「原告俊行」という。）に対し八四万株の新株をいずれも一株五〇〇円で発行したこと、<３>原告行雄が原告会社の株式二〇〇万株を株式会社ディー・エフ・シー（以下「ＤＦＣ」という。）に一株五〇〇円で譲渡したことをとらえて、被告らが、右<１>につき、第一コーポの株式の譲渡が低額譲渡に当たり、時価と譲渡価額との差額が原告行雄に対する賞与であるとして、右<２>につき、新株の時価と発行価額との差額が一時所得になるとして、右<３>につき、譲渡所得が発生しているとして、原告行雄及び原告俊行に対して更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を、原告会社に対して右賞与に係る源泉所得税の納税告知処分をしたのに対して、原告らが、右更正処分等の取消しを求めるものである。また、原告俊行が三井不動産販売株式会社（以下「三井販売」という。）に対し原告会社の株式一八万七〇〇〇株を一株五〇〇円で譲渡したことに関して、同原告に対する更正処分においては譲渡所得の認定はされていなかったが、裁決においては、右株式の譲渡に関して別紙二―一<略>の「俊行原処分」欄記載のとおり譲渡所得の発生が認定がされ、被告渋谷税務署長も、本訴において右譲渡所得を同原告の所得金額に加算して主張している。
なお、原告行雄及び原告会社は、主位的には、右<１>の譲渡が低額譲渡に当たらないと主張し、原告行雄は同原告に対する右更正処分のうち申告に係る納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円を超える部分の取消しを、原告会社は右納税告知処分の取消しを求め、また、同原告らは、予備的に、右<１>の譲渡が低額譲渡に当たり、時価と譲渡価額との差額が賞与に該当するとしても、第一コーポの株式の一株当たりの時価は二六六四円であり、これを基礎に計算をすると、賞与額は一六億五四三二万円、源泉徴収税額は一〇億二四〇三万六五八四円となると主張し、原告行雄は、右賞与の額を給与等の収入金額に加算して所得金額、納付すべき税額を計算し直し、右源泉徴収税額を納付すべき税額から控除して還付金に相当する金額を七二八三万八二三七円と計算したうえ、右更正処分にうち右還付金に相当する額を超える部分の取消しを求め、また、原告会社は、一〇億八〇六六万五一七七円を超える部分について右納税告知処分の取消しを求めている。
一 前提となる事実（当事者間に争いのない事実である。）
１ 原告行雄及び原告俊行は、昭和六二年当時、いずれも、原告会社の役員であり、原告会社の株主であった。
ＤＦＣ及び三井販売は、いずれも原告会社の株主であった。
２ 昭和六二年二月当時、原告会社の株主及び保有株式数は次のとおりであり、原告会社の発行済株式数は、一〇〇万株であった。
（一） 原告行雄 八万〇二〇〇株
（二） 原告俊行 四〇〇〇株
（三） 親族五名 一万四〇〇〇株
（四） ＤＦＣ 八〇万〇〇〇〇株
（五） 三井販売 九万三〇〇〇株
（六） その他 八八〇〇株
３ 原告会社は、三〇〇万株の新株を発行することとし、昭和六二年二月九日に開催された臨時取締役会において、発行価額を一株当たり五〇〇円として、次のとおり新株の割当を行う旨の決議をし、右決議に基づいて、新株は、同年三月一一日、割当を受けた株主において引き受けられた（以下、これにより発行された新株を「本件新株」という。）。
（一） 原告行雄 二〇〇万株
（二） 原告俊行 八四万株
（三） ＤＦＣ 一六万株
４ 原告俊行は、昭和六二年三月二六日、前記３において引き受けた原告会社の新株八四万株のうち、一八万七〇〇〇株を一株当たり五〇〇円で、三井販売に譲渡した（以下、これにより三井販売に譲渡された株式を「俊行譲渡株」という。）。
５ 原告行雄は、昭和六二年五月一二日、前記３において引き受けた原告会社の新株二〇〇万株のすべてを一株当たり五〇〇円で、ＤＦＣに譲渡した（以下、これによりＤＦＣに譲渡された株式を「行雄譲渡株」という。）。
６ 原告会社は、原告行雄に対し、原告会社の保有する第一コーポの株式を、昭和六二年三月三〇日に九〇万株、同月三一日に二三万株、いずれも一株当たり一二〇〇円で譲渡した。
７ 被告らのした更正処分等（原告俊行に対する更正処分は被告武蔵府中税務署長がしたものであるが、原告俊行の納税地の変更に伴い、右更正処分に係る権限・事務は被告渋谷税務署長がこれを承継した。）について
（一） 原告行雄は、別紙一―一<略>の確定申告欄記載のとおり確定申告をしたが（その内訳は、別紙一―二<略>の申告欄記載のとおり。）、被告武蔵府中税務署長は、右確定申告には次のとおり誤りがあるとして、原告行雄に対し、平成三年三月一二日付けで昭和六二年分の所得税の更正処分（ただし、原告会社に対する裁決により、原告行雄の源泉徴収税額を二五億六一七三万三五一五円とした後のものをいう。以下「行雄更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った。行雄更正処分等の経緯は、別紙一―一<略>記載のとおりである。
(1) 前記６記載の原告会社の原告行雄に対する第一コーポ株の譲渡につき、一株の価額を一万三一五一円と評価し、同金額と、一株あたりの譲渡金額である一二〇〇円との差額一万一九五一円に、譲受け株式総数一一三万株を乗じた金額一三五億〇四六三万円は、原告行雄が原告会社から受けた経済的利益の額であるとして、給与所得の収入金額に加算し、他の給与所得の収入金額と合算のうえ、給与所得控除をした残額を総所得金額に加算した。
(2) 前記３記載の原告行雄が引き受けた本件新株二〇〇万株のうち、株主としての地位に基づく株数二四万〇六〇〇株とその親族の株主としての地位に基づいて同原告が引き受けたものと認めるべき株数二万八五六〇株の合計二六万九一六九株を差し引いた一七三万〇八四〇株について、同原告は、本件新株の一株当たりの時価が七五〇五円であるのに、五〇〇円という有利な発行価額でこれを引き受けたものであると認められる。したがって、本件新株の時価と発行価額の差額六九〇五円に右の一七三万〇八四〇株を乗じた一一九億五一四五万〇二〇〇円を原告行雄の一時所得の収入金額に算入し、同金額から一時所得の特別控除額五〇万円を差し引いた残額の二分の一の五九億七五四七万五一〇〇円を一時所得の金額として総所得金額に算入した。
(3) 前記５記載の本件新株のＤＦＣへの譲渡について、譲渡した株式数を二〇〇万株として、所得税法五九条に基づいて、長期譲渡所得の総収入金額を五億九二七五万八二〇〇円とし、短期譲渡所得の総収入金額を一四一億八九二四万一八〇〇円として課税した。
（二） 原告俊行は、別紙二―一<略>の確定申告欄記載のとおり確定申告をしたが（その内訳は、別紙二―二<略>の申告欄記載のとおり。）、被告武蔵府中税務署長は、右確定申告には、前記３記載の原告俊行が引き受けた本件新株八四万株のうち八一万四五五九株について、同原告は、本件新株の一株当たりの価額は七四〇五円であるのに、五〇〇円という有利な発行価額で本件新株を引き受けたものと認められる。したがって、本件新株の時価と発行価額の差額六九〇五円に八一万四五五九株を乗じた五六億二四五二万九八九五円を原告俊行の一時所得の収入金額に算入し、同金額から一時所得の特別控除額五〇万円を差し引いた残額の二分の一の二一億八八五八万〇三四七円を一時所得の金額として総所得金額に算入した。
そこで、原告俊行に対し、平成三年三月一二日付けで昭和六二年分の所得税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、いずれも審査裁決により一部取り消された後のものをいう。以下、右更正処分を「俊行更正処分」という。）を行った。俊行更正処分等の経緯は、別紙二―一<略>記載のとおりである。
（三） 被告新宿税務署長は、原告会社に対し、前記６記載の売買により、原告行雄には、前記（一）(1)記載のとおり経済的利益が発生し、原告会社が原告行雄に対し右経済的利益と同額の賞与を支給したものと解されるとして、原告会社に対し、別紙三―一<略>記載のとおり、源泉所得税の額を八三億六九五八万六九七二円とする源泉所得税の納税告知処分及び不納付加算税の賦課決定処分（ただし、いずれも審査裁決により一部取り消された額のものをいう。以下、右納税告知処分を「本件告知処分」という。また、以下、行雄更正処分、俊行更正処分及び本件告知処分を併せて「本件各更正処分等」という。）を行った。
二 本件各更正処分等の適法性に関する被告らの主張（かっこ内に「争いがない。」と表記したものは、その金額等について当事者間に争いがないものである。以下同じ。）
被告らが本訴で主張する原告行雄及び原告俊行の昭和六二年分の所得金額、納付すべき税額及び原告会社が原告行雄に支給した賞与の額とこれに係る源泉徴収税額（納付すべき税額）は以下のとおりであり、いずれも行雄更正処分、俊行更正処分及び本件告知処分に係る各納付すべき税額を上回るから、本件各更正処分等は適法である。
１ 行雄更正処分について
（一） 総所得金額について
(1) 給与所得の金額 七三億七九五三万九二五〇円
右金額の計算の経緯は、次のとおりである。
ア 確定申告における給与等の収入金額（争いがない。） 五六一万五〇〇〇円
イ 賞与の収入金額 七六億八四〇〇万円
右金額は、原告会社が原告行雄に譲渡した一一三万株の第一コーポ株の一株当たりの譲渡価額一二〇〇円が時価に比べ低かったことから、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりに算定した一株当たりの時価八〇〇〇円との差額六八〇〇円に売買株数（一一三万株）を乗じて算出した金額である。
ウ 給与等の収入金額 七七億六九六一万五〇〇〇円
右金額は、前記アの確定申告における給与等の収入金額と前記イの賞与の収入金額との合計額である。
エ 給与所得の金額 七三億七九五三万九二五〇円
右金額は、給与等の収入金額を右ウの七七億六九六一万五〇〇〇円として所得税法二八条三項五号（ただし、昭和六二年法律第六九号による改正後で、平成元年法律第六八号による改正前のものをいう。）に規定する給与所得控除額を右収入金額から控除した後の金額である。
(2) 一時所得の金額 四七億五三七五万円
右金額の計算の経緯は、次のとおりである。
ア 一時所得の総収入金額 九五億〇八〇〇万円
右金額は、原告行雄が昭和六二年三月に引き受けた本件新株二〇〇万株について、本件新株の一株当たりの時価五二五四円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）から引受価額五〇〇円を控除した金額四七五四円に二〇〇万株を乗じて算出した金額である。
イ 一時所得の特別控除額 五〇万円
右金額は、所得税法三四条三項に規定する一時所得の特別控除額である。
ウ 一時所得の金額 四七億五三七五万円
右金額は、前記アの一時所得の総収入金額から前記イの一時所得の特別控除額を差し引いた額に、所得税法二二条二項二号の規定に従い二分の一を乗じた金額である。
(3) 短期譲渡所得の金額 一二五億八四二六万八九五〇円
右金額の計算の経緯は、次のとおりである。
ア 短期譲渡所得の総収入金額 二二三億二五三五万四二〇〇円
右金額は、行雄譲渡株二〇〇万株のうち、所得税法三三条三項一号により、原告行雄が所得の日から五年以内に譲渡した一九一万九八〇〇株に対応する総収入金額であり、譲渡時（課税時期）における一株当たりの時価一万一六二九円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）に右一九一万九八〇〇株を乗じて算出した金額である。なお、五年以内に譲渡した株数は、行雄譲渡株二〇〇万株から、原告行雄が従前から所有していたと認められる原告会社の株式数八万〇二〇〇株を差し引いて求めたものである。
イ 所得費の額 九七億三五三〇万五八〇〇円
右金額は、次により求めた行雄譲渡株の一株当たりの取得費の額五〇七一円に右譲渡株数一九一万九八〇〇株を乗じて算出した金額である。
一株当たりの取得費の額は、本件新株の取得時の一株当たりの時価五二五四円に二〇〇万株を乗じた金額一〇五億八〇〇万円と原告行雄が従前から所得していた八万〇二〇〇株の取得価額四〇一〇万円（一株五〇〇円）との合計額一〇五億四八一〇万円を株数の合計二〇八万〇二〇〇株で除した金額（ただし、一円未満の端数は切り上げた。）である。
ウ 譲渡費用の額 五二七万九四五〇円
右金額は、行雄譲渡株二〇〇万株に係る有価証券取引税の額五五〇万円に短期譲渡所得に係る株数一九一万九八〇〇株を乗じ、二〇〇万株で除して算出した金額である。
エ 譲渡所得の特別控除額 五〇万円
右金額は、所得税法三三条四項に規定する譲渡所得の特別控除額である。
オ 短期譲渡所得の金額 一二五億八四二六万八九五〇円
右金額は、前記アの短期譲渡所得の総収入金額二二三億二五三五万四二〇〇円から、前記イないしエの金額の合計額九七億四一〇八万五二五〇円を控除して算出した金額である。
(4) 長期譲渡所得の金額 二億六二八六万五五二五円
右金額の計算の経緯は、次のとおりである。
ア 長期譲渡所得の総収入金額 九億三二六四万五八〇〇円
右金額は、行雄譲渡株二〇〇万株のうち、所得税法三三条三項二号により、原告行雄が取得の日から五年を超えて保有していたと認められた八万〇二〇〇株に対応する総収入金額であり、譲渡時における一株当たりの時価一万一六二九円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）に右八万二〇〇株を乗じて算出した金額である。
イ 取得費の額 四億〇六六九万四二〇〇円
右金額は、前記(3)イと同様にして求めた行雄譲渡株の一部当たりの取得費の額五〇七一円に右譲渡株数八万〇二〇〇株を乗じて算出した金額である。
ウ 譲渡費用の額 二二万〇五五〇円
右金額は、行雄譲渡株二〇〇万株に係る有価証券取引税の額五五〇万円から、前記(3)ウの短期譲渡所得に係る同税の額五二七万九四五〇円を控除して算出した金額である。
エ 長期譲渡所得の金額 二億六二八六万五五二五円
右金額は、前記アの長期譲渡所得の総収入金額九億三二六四万五八〇〇円から、前記イ及びウの金額の合計額四億〇六九一万四七五〇円を差し引いた額に、所得税法二二条二項二号の規定に従い二分の一を乗じた金額である。
(5) 不動産所得、配当所得及び雑所得について（いずれも争いがない。）
不動産所得（△は損失の金額を表す。） △一七二五万一四二五円
配当所得 三五五四万〇四〇四円
雑所得 二万円
(6) 総所得金額 二四九億九八七三万二七〇四円
右金額は、前記(1)の給与所得の金額ないし(4)の長期譲渡所得の金額の合計額に、前記(5)の不動産所得、配当所得及び雑所得の金額をそれぞれ加えた金額である。
（二） 分離課税に係る長期譲渡所得金額（争いがない。） 六六九三万九八五三円
（三） 所得控除の額（争いがない。） 二〇七万六二六〇円
（四） 課税所得金額
(1) 課税総所得金額 二四九億九六六五万六〇〇〇円
右金額は、前記（一）(6)の総所得金額二四九億九八七三万二七〇四円から、右（三）の所得控除の額二〇七万六二六〇円を控除し、国税通則法（以下「通則法」という。）一一八条一項の規定に基づき、一〇〇〇円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
(2) 課税分離長期譲渡所得金額（争いがない。） 六六九三万九〇〇〇円
（五） 算出税額 一五〇億七〇五万二五〇〇円
右金額は、次の(1)及び(2)の金額の合計額である。
(1) 課税総所得金額に対する税額 一四九億九〇九七万一一〇〇円
右金額は、右（四）(1)の課税総所得金額二四九億九六六五万六〇〇〇円に所得税法八九条（ただし、昭和六二年法律第九六号による改正後で、昭和六三年法律第一〇九号による改正前のものをいう。以下同じ。）に規定する税率を適用して算出した金額である。
(2) 課税分離長期譲渡所得金額に対する税額（争いがない。） 一六〇八万一四〇〇円
（六） 納付すべき税額 一〇一億八六二〇万八七〇〇円
右金額は、右（五）の算出税額から、<１>配当控除の額一七七万七〇二〇円と<２>源泉徴収税額四八億一九〇六万六七一五円を控除した金額（ただし、通則法一一九条一項の規定に基づき一〇〇円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
２ 俊行更正処分について
（一） 総所得金額について
(1) 一時所得の金額
ア 一時所得の総収入金額 三九億九三三六万円
右金額は、原告俊行が昭和六二年三月に引き受けた本件新株八四万株（一時所得課税の対象となる本件新株の株数は三五万八四〇〇株の限度で争いがない。すなわち、原告俊行は、一時所得の課税対象となるのは、その引受株数八四万株から三井販売へ是正移動した一八万七〇〇〇株及び本来原告俊行が株主としての地位に基づき引き受けるべき株数等二九万四六〇〇株を差し引いた三五万八四〇〇株であると主張する。）について、本件新株の一株当たりの時価五二五四円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）から引受価額五〇〇円を控除した金額四七五四円に右八四万株を乗じて算出した金額である。
イ 一時所得の特別控除額（争いがない。） 五〇万円
ウ 一時所得の金額 一九億九六四三万円
右金額は、前記アの一時所得の総収入金額から前記イの一時所得の特別控除額を差し引いた額に、所得税法二二条二項二号の規定に従い二分の一を乗じた金額である。
(2) 短期譲渡所得の金額
ア 短期譲渡所得の総収入金額 九億六一四八万二〇〇〇円
右金額は、俊行譲渡株一八万七〇〇〇株のうち、所得税法三三条三項一号により、原告俊行が取得の日から五年以内に譲渡した一八万三〇〇〇株に対応する総収入金額であり、譲渡時（課税時期）における一株当たりの時価五二五四円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）に右一八万三〇〇〇株を乗じて算出した金額である。なお、五年以内に譲渡した株数は、俊行譲渡株一八万七〇〇〇株から、原告俊行が従前から所得していたと認められる原告会社の株式数四〇〇〇株を差し引いて求めたものである。
イ 取得費の額 九億五七四五万六〇〇〇円
右金額は、次により求めた俊行譲渡株の一株当たりの取得費の額五二三二円に右譲渡株数一八万三〇〇〇株を乗じて算出した金額である。
一株当たりの取得費の額は、本件新株の取得時の一株当たりの時価五二五四円に八四万株を乗じた金額四四億一三三六万円と原告俊行が従前から所有していた四〇〇〇株の取得価額二〇〇万円（一株五〇〇円）との合計額四四億一五三六万円を株数の合計八四万四〇〇〇株で除した金額（ただし、一円未満の端数を切り上げた。）である。
ウ 譲渡費用の額 五〇万三二〇一円
右金額は、俊行譲渡株一八万七〇〇〇株に係る有価証券取引税の額五一万四二〇〇円に短期譲渡所得に係る株数一八万三〇〇〇株を乗じ、一八万七〇〇〇株で除して算出した金額である。
エ 譲渡所得の特別控除額 五〇万円
右金額は、所得税法三三条四項に規定する譲渡所得の特別控除額である。
オ 短期譲渡所得の金額 三〇二万二七九九円
右金額は、前記アの短期譲渡所得の総収入金額九億六一四八万二〇〇〇円から、前記イないしエの金額の合計額九億五八四五万九二〇一円を控除して算出した金額である。
(3) 長期譲渡所得の金額
ア 長期譲渡所得の総収入金額 二一〇一万六〇〇〇円
右金額は、俊行譲渡株一八万七〇〇〇株のうち、所得税法三三条三項二号により、原告俊行が取得の日から五年を超えて保有していたと認められた四〇〇〇株に対応する総収入金額であり、譲渡時（課税時期）における一株当たりの時価五二五四円に右四〇〇〇株を乗じて算出した金額である。
イ 取得費の額 二〇九二万八〇〇〇円
右金額は、前記(2)のイと同様にして求めた俊行譲渡株の一株当たりの取得費の額五二三二円に右譲渡株数四〇〇〇株を乗じて算出した金額である。
ウ 譲渡費用の額 一万〇九九九円
右金額は、俊行譲渡株一八万七〇〇〇株に係る有価証券取引税の額五一万四二〇〇円から、前記(2)のウの短期譲渡所得に係る同税の額五〇万三二〇一円を控除して算出した金額である。
エ 長期譲渡所得の金額 三万八五〇〇円
右金額は、前記アの長期譲渡所得の総収入金額二一〇一万六〇〇〇円から、前記イ及びウの金額の合計額二〇九三万八九九九円を差し引いた額に、所得税法二二条二項二号の規定に従い二分の一を乗じた金額である。
(4) 給与所得（争いがない。） 一五二九万九八〇〇円
(5) 総所得金額 二〇億一四七九万一〇九九円
右金額は、前記(1)の一時所得の金額ないし(3)の長期譲渡所得の金額の合計額に、前記(4)の給与所得の金額を加えた金額である。
（二） 所得控除の額（争いがない。）一三四万九一一五円
（三） 課税総所得金額 二〇億一三四四万一〇〇〇円
右金額は、前記（一）(5)の総所得金額二〇億一四七九万一〇九九円から、右（二）の所得控除の額一三四万九一一五円を控除し、通則法一一八条一項の規定に基づき、一〇〇〇円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
（四） 算出税額 一二億一〇四万二一〇〇円
右金額は、右（三）の課税総所得金額二〇億一三四四万一〇〇〇円に所得税法八九条に規定する税率を適用して算出した金額である。
（五） 納付すべき税額 一一億九六七九万四〇〇円
右金額は、右（四）の算出税額から源泉徴収税額四二五万一六四八円を控除した金額（ただし、通則法一一九条一項の規定に基づき一〇〇円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
３ 原告会社に対する本件告知処分について
法人がその役員に対して臨時に経済的利益を供与した場合は、その経済的利益の額に相当する賞与を支給したものとして、当該法人に給与所得に係る源泉所得税の納付義務が生じるところ、原告会社が原告行雄に譲渡した第一コーポ株の一株当たりの時価八〇〇〇円（その具体的な計算方法は、後記四３（被告らの主張）（三）記載のとおりである。）と一株当たりの譲渡価額一二〇〇円との差額六八〇〇円に譲渡株数一一三万株を乗じた七六億八四〇〇万円が、右譲渡を通じて原告会社が原告行雄に支給した賞与に相当する金額となる。
原告会社が第一コーポ株の譲渡に伴って納付すべきであった源泉所得税の額は、<１>右譲渡株のうち昭和六二年三月一九日に譲渡された分が九〇万株（賞与相当額六一億二〇〇〇万円）、<２>同月三一日に譲渡された分が二三万株（同相当額一五億六四〇〇万円）であること、<３>右<１>及び<２>の賞与相当額は、原告会社が同年二月分として原告行雄に支給した所得税法一八六条（ただし、昭和六三年法律第一〇九号による改正前のものをいう。）一項一号に定める通常の給与等の金額一三〇万円の一〇倍を超えることなどから、同条二項一号の規定に基づいて計算すると、右の九〇万株の譲渡による賞与相当額に対する税額が三七億九二七五万八一八四円、右の二三万株分の譲渡による賞与相当額に対する税額が九億六九六七万九九九八円となる。
三 争点
１ 本件新株の引受に係る所得の帰属先はどこか（争点１）
２ 原告会社及び第一コーポの株式の価格の算定において被告らがした評価方式が合理的であるかどうか（争点２）。
具体的には、以下の点が問題となる。
（一） 第一コーポの株式の価格の算定において、原告会社が三井銀行らに売却したその価格を基に算定すべきか否か（争点２（一））。
（二） 原告会社及び第一コーポの株式の価格の算定において、所得税基本通達二三～三五共―九(4)ロの定める評価方式（以下「類似法人比準方式」という。）によることが合理的であるかどうか、また、被告らの行った算定が合理的であるかどうか（争点２（二））。
（三） 仮に、原告会社及び第一コーポの株式の価格を、純資産価額方式によって算定すべきとした場合に、評価差額に対する法人税等相当額（以下、単に「法人税等相当額」という。）を控除すべきであるかどうか（争点２（三））。
（四） 争点２（四）（各評価時点における原告会社及び第一コーポの株式の一株当たりの時価はいくらか）
３ 原告行雄の予備的請求に係る本件訴えのうち、行雄更正処分の昭和六二年分の所得税の申告額以下について取消しを求める部分が適法な訴えであるかどうか（争点３）。
四 争点に関する当事者の主張
１ 争点１（本件新株の引受に係る所得の帰属先はどこか）について
（被告武蔵府中税務署長及び被告渋谷税務署長の主張）
（一） 本件新株発行の経緯
原告会社は、昭和六二年二月九日開催の臨時取締役会の決議に基づき、<１>発行新株式数を三〇〇万株、<２>一株当たりの発行価額を五〇〇円、<３>払込期日を同年三月一一日、<４>発行する新株のすべてにつき第三者割当てとし、ＤＦＣに一六万株、原告行雄に二〇〇万株、原告俊行に八四万株を割り当てるとする本件新株発行を決定し、右各割当者は、右払込期日にそれぞれ払込みを実行して新株を引き受けており、これらのことは、当事者間に争いのない事実である。
そうすると、本件新株発行は有効であり、本件新株の引受者が右各割当者であることは明白である。
（二） 右取締役会決議の背景
原告行雄は、原告会社と第一コーポとを合併したうえで、株式市場に上場して創業者利益を無税で獲得するとのもくろみを実現させるべく、原告会社及び第一コーポの自己の持株割合を最大限に高めるための方策として、本件新株発行を第三者割当てとして自己が引き受け、また、原告会社から第一コーポ株を譲り受けたものである。
すなわち、原告会社と第一コーポとを合併したうえで、株式市場に上場することを展望していた原告らが、その上場の際に原告行雄が創業者利益を無税で獲得できるように、その持株割合を当時の所得税法施行令二六条三項二号及び四号に規定する持株割合二五パーセント以上に高めておくべく、株主割当てによる新株発行によっては右持株割合を高めることができないことから、第三者割当てによる新株発行を行い、原告行雄が新株二〇〇万株を引き受けることによって同人の持株割合を従前の八パーセントから五二パーセントに飛躍的に増加させたものである。
（三） この点、原告らは、本件新株の発行には、第三者に対する有利発行の場合に要求されている株主総会の特別決議がないなどの瑕疵があり、また、三井販売から、本件新株の発行について、事前に知らされていなかったことやその持ち株割合が変化することに対して強く抗議があったことから、原告俊行に割り当てた八四万株のうち、一八万七〇〇〇株を三井販売に譲渡することにより右の本件新株発行の瑕疵を実質的に是正し、抗議に対する解決を図ることとし、また、原告行雄が引き受けた二〇〇万株についても、ＤＦＣに割り当てるべきものであることが判明したので、同じく実質的な是正措置として当該二〇〇万株を原告行雄からＤＦＣに譲渡したものであるから、本件新株の実質的な引受は、原告俊行（三井販売に譲渡したものを除く。）、三井販売及びＤＦＣであると主張する。
(1) しかし、原告ら及びその親族らの所有する原告会社の株式総数は全体の九〇パーセントであったことからすれば、株主総会の特別決議を経ることが容易であったにもかかわらず、原告らが右特別決議を経なかったのは、<１>原告行雄を主体に割当てを行ってその原告会社の持株割合を高めること、<２>有利発行を明確にした場合には、時価と発行価額との差額を引受人の得た利益として税務申告等をしなければならなくなることから、あえて株主総会の特別決議によらずに取締役会の決議のみによって新株の第三者割当てを決議したものであること、<３>仮に、株主総会の特別決議の欠缺の点で本件新株発行の効力が問題となったとしても、取締役会で特に有利な発行価額による第三者割当てを決議していれば、株主総会の特別決議を経ずに新株を発行したとしても、その発行自体は有効であるとするのが確立した判例である（最高裁昭和四〇年一〇月八日第二小法廷判決・民集一九巻七号一七四五頁、最高裁昭和四六年七月一六日第二小法廷判決・判例時報六四一号九七頁、最高裁昭和五二年一〇月一一日第三小法廷判決・金融法務事情八四三号二四頁）から、本件新株発行の効力が否定されることはなかったのである。
(2) また、原告らは、新株発行事項の公告又は株主への通知の欠缺があったと主張するが、三井販売からの抗議があった時期についての原告らの主張は変遷しており、右は事実に基づかない主張というべきである。三井販売は、本件新株発行に係る取締役会の開催の際に、本件新株発行の件を認識していたはずであり、本件新株発行に係る通知等の欠缺と俊行譲渡株とは何ら関係はなく、本件新株発行手続の瑕疵を是正するために俊行から三井販売へ本件新株の譲渡がされたという原告らの主張は事実に反するものである。
俊行から三井販売への本件新株の譲渡は、本件新株発行が有効なものであることを前提として事後的にその持ち株割合を回復するためにされたものであり、その結果、三井販売は、本件新株発行により二・三パーセントまで低下した持ち株割合を七パーセントにまで回復したのである。
（四） また、原告らは、原告行雄からＤＦＣに譲渡された本件新株二〇〇万株については、原告行雄がＤＦＣに代わって引き受けたものであり、その引受は原告行雄がＤＦＣの利益のためにした事務管理行為である旨主張する。
しかし、行雄譲渡株の譲渡は、原告行雄が原告会社の株式の上場をあきらめ、第一コーポのみの単独上場の構想に変更して、原告会社及び第一コーポ両者の上場による創業者利益の獲得を断念したことを契機として、右譲渡が相続税対策となるという判断から相続税対策の一環として行ったものであることは明らかであり、原告らの主張は事実に反するものである。
（原告行雄及び原告俊行の主張）
本件新株のうち、原告俊行から三井販売に移転した一八万七〇〇〇株及び原告行雄からＤＦＣに移転した二〇〇万株については、それぞれ、新株発行に係る利益は三井販売及びＤＦＣに帰属するものであり、原告俊行及び原告行雄の所得となるものではない。
（一） 本件新株発行及びその移転に係る経過について
本件新株発行及びその移転に係る経過は、以下のとおりである。
(1) 昭和六二年二月九日に、発行総数を三〇〇万株、発行価格を一株当たり五〇〇円、払込期日を同年三月一一日とし、原告行雄に二〇〇万株、原告俊行に八四万株、ＤＦＣに一六万株を割り当てる旨の新株発行に係る原告会社の取締役会の決議がされた。
右取締役会決議に基づいて、同年三月一一日に株式引受金額の払い込みがなされ、同月一二日に本件新株が発行された。
そして、同月一九日には、本件新株のうち、原告俊行に対して発行されたものの一部である一八万七〇〇〇株を三井販売に譲渡することを原告会社の取締役会で承認し、同月二六日に、右株式は、原告俊行から三井販売に対して一株当たり五〇〇円で譲渡された。
また、同年五月一二日には、原告行雄は、本件新株のうち、原告行雄に対して発行された二〇〇万株を一株当たり五〇〇円でＤＦＣに譲渡した。
このように、本件新株は、発行からわずか二か月という短期間に、引受価格と同じ一株当たり五〇〇円で、他の株主に移転され、原告行雄及び原告俊行は、本件新株の割当てによる現実的利益は全く得ていない。
(2) 本件新株発行は、法的にみた場合、問題のある手続きであった。すなわち、昭和六二年当時、株主に新株引受権を保証する規定はなかったため、同年二月九日に開催された原告会社の取締役会決議に基づいて、第三者割当の方法により行われた本件新株発行は、以下の点で瑕疵が存在した。
ア 新株の有利発行
商法二八〇条ノ二の第二項によると、第三者に対する新株の有利発行については、株主総会の特別決議が必要であるとされているところ、本件新株の発行においては、株主総会の特別決議はされていなかった。なお、本件新株の発行価格は、五〇〇円であったが、原告会社の取締役には、当時の原告会社の資産関係からして、この価格が特に有利な発行価額であるとの認識はなかった。
イ 通知の欠缺
本件新株発行については、商法第二八〇条ノ三ノ二で必要とされている新株発行事項の公告又は株主への通知が欠缺していた。
このように、会社が法令・定款の規定に違反し又は著しく不公正な方法で新株を発行し、これによって株主が損害を受けるおそれがある場合には、株主は会社に対し、その新株の発行の差止を請求することができるとされている（商法第二八〇条ノ一〇）。また、右のような瑕疵がある場合、新株発行無効の訴えも提起しうる（商法二八〇条ノ一五～同二八〇条ノ一八）。さらに、第三者に対する新株の有利発行は、取締役への賠償請求も認められる。
(3) 昭和六二年三月上旬頃、同じく原告会社の株主である三井販売から、本件新株発行の手続の瑕疵について、強い指摘を受けた。三井販売は、本件新株発行につき事前に知らされておらず、また、本件新株につきされた前記のような割当では、原告会社に対する持株比率が変化することになるとし、右の件につき原告会社に対し強く抗議した。
原告会社では、三井販売からの異議に対し、いかに対処すべきかの検討がなされた。この検討の結果、その時点で前記新株発行に関する取締役会の決議を撤回ないし無効とするには無理があり、他方、仮に三井販売等から訴訟を提起された場合には、原告会社の信用が毀損されることとなるため、本件新株発行の手続の瑕疵を実質的に是正する方法として、「当初の新株割当は存在しなかった」、あるいは「間違っていた」との事実を前提として、本件新株の引受人から三井販売へ本件新株を譲渡することを承認する取締役会の決議を行って、本件新株を移転させることで解決を図るとの意見が採用された。実際に、この手続は、既に新株が割当てられ、手続が進んでいる時点にける是正方法としては最も合理的な選択であった。
原告会社は、右の解決方針にのっとり、本件新株に係る払込期日からずか八日後の同年三月一九日に取締役会を開催し、本件新株のうち、原告俊行に割当てた八四万株の一部である一八万七〇〇〇株を三井販売へ譲渡することを承認するとの決議を行った。このように、三井販売への株式の移転は、本件新株発行の手続の瑕疵を部分的に是正する旨の了解が成立した結果行われたものである。
(4) 右(3)に関連して、本件新株のうち、原告行雄に対して発行された二〇〇万株は、ＤＦＣが株式引受資金を用意することができるようになるまでの間、とりあえず原告行雄が取得することとして同原告に割当てられたものであるが、かかる処理自体についても問題とされ、当初より、ＤＦＣが取得する手続をとる必要があったことも判明した。
そのため、右の二〇〇万株についても、本来なら昭和六二年三月一九日に開催された取締役会において、譲渡の承認がされるべきであったが、ＤＦＣの新株引受資金の準備の都合で、手続は延期されることとなった。
なお、本件新株が三〇〇万株発行されたことからすれば、ＤＦＣには、その八〇パーセントに当たる二四〇万株の引受権があることとなる。ＤＦＣは本件新株発行の際に一六万株を引き受けていたが、右の二〇〇万株を取得しても二一六万株を取得するにすぎないが、原告行雄の取得した二〇〇万株すべてをＤＦＣに引き渡すことにより解決することとなった。
(5) 原告行雄からＤＦＣへの株式の移転については、原告行雄が本件新株の引受資金として、本件新株を担保に融資を受けていた金融機関四行との交渉がまとまり、原告行雄と金融機関の貸借関係を、昭和六二年五月一二日に、ＤＦＣが引き継ぐとの結論が出された。そのため、原告行雄が本件新株の引受資金として融資を受けていた一〇億円（その内訳は、三井銀行が三億円、第一勧業銀行が三億円、三井信託銀行が三億円、日本債券信用銀行が一億円である。）は、すべて原告佐藤行雄からＤＦＣに実質的に承継されることとなり、ＤＦＣは、金額、金利、返済条件も全く同様の条件で借入し、かつ右借入金債務の担保とされていた原告会社の株式の二〇〇万株もそのまま四行に保管されたままという処理となった。中でも三井銀行の場合は、借入手続としても、ＤＦＣが原告行雄の債務について免責的債務引受手続をとる形で承継している。
(6) 以上のとおり、原告会社の本件新株は、実質的には、昭和六二年五月一二日に、ＤＦＣに移転し、その後、形式的に、同年六月二九日開催の取締役会議における株式譲渡承認決議により、新株発行の決議の瑕疵の是正も実質的に処理された。なお、同年四月一日より、定時株主総会の同年六月末までの間、株主の名義書換えは停止されていた。
(7) 原告会社は、昭和六二年三月期の決算に基づき、同年七月二日、同年三月三一日時点の名義人である原告行雄に対し、本件新株二〇〇万株に対する配当金として五二〇万円を同原告の銀行口座へ振り込んだ。
この配当金は、元来ＤＦＣが受領すべきものであり、原告行雄からＤＦＣに引き渡されるべきものであった。しかし、原告行雄が、本件新株引受のための資金として借入れていた一〇億円については、昭和六二年三月一一日（借入日）から、返済日の同年五月一二日までの金利の合計七九五万二〇五五円が必要とされたところ、右配当金額は、かかる金利に比べて二七五万円も不足していた。そこで、原告行雄は、配当金と金利を相殺することとして、ＤＦＣに対して右不足額二七五万円の請求はしなかった。
（二） 右のとおり、本件新株が原告行雄及び原告俊行に対して発行された後、三井販売及びＤＦＣに対して移転（譲渡）されたのは、本件新株発行手続の瑕疵の是正としてされたものである。
すなわち、原告会社は、三井販売からの抗議で新株発行の手続の誤りを知ることとなり、三井販売と協議した結果、本件新株のうち、原告俊行に対して発行されたものの一部である一八万七〇〇〇株を三井販売に移転することとなった。いったん新株発行が行われた手続を無効として、新株主への払戻し（商法二八〇条の一八）、減資等の手続を行うことは大変なことであり、事実上の是正措置で対処することとしたものである。そのため、形式的には、一八万七〇〇〇株について、原告佐藤俊行が取得し、それをさらに譲渡した形になるが、実態は、新株発行の手続の誤りの是正措置であり、一八万七〇〇〇株は、実質的には、原告俊行が引き受けたのではなく、三井販売が引き受けたものである。
そして、この中で、三井販売の新株引受権が無視されただけではなく、ＤＦＣの新株引受権を早急に回復させるべきことが検討された。しかし、ＤＦＣが二〇〇万株を取得するに当たり、総額で一〇億円という資金の準備が必要とされるところ、当初から資金手当てに困難があったため、原告行雄がＤＦＣに代わって二〇〇万株を引き受けたという経過があり、総額一〇億円の資金のＤＦＣへの融資につき銀行との協議が行われた。その結果、原告行雄の借入金をＤＦＣ引き継ぐことで、融資は可能ということとなった。この手続も新株発行の手続の瑕疵の是正措置でり、二〇〇万株の株式の実質的な引受者は原告行雄ではなく、ＤＦＣである。
（三） 右の原告行雄による株式引受を法的に構成すると、原告行雄が本件新株をＤＦＣに代わって引き受けたものであり、原告行雄がＤＦＣの利益のためにした事務管理行為であるというべきである。
そして、原告らから本件新株の引受の事情について説明を聞いた（民法七〇一条、六四五条）ＤＦＣは、原告行雄のした本件新株の引受を事務管理行為と認め、新株の引渡しを受け、原告行雄が支払った株式引受金一〇億円の支払をすることを承諾した。
したがって、原告行雄は、交付を受けていた本件新株をＤＦＣに引渡すべき義務を負うこととなり（民法七〇一条、六四六条）、本件新株発行と同時に借入金の担保として銀行に寄託されていた株券を、そのままＤＦＣの借入金の担保に切り換えることを原告行雄、ＤＦＣ、銀行の三者間で合意した。これは、株式について、指図による引渡し（民法一八四条）がされたものである。
右の株式の移動は、事務管理者が事務管理行為によって受け取ったものを、民法七〇一条、六四六条の義務の履行として引渡したものにすぎず、有償譲渡であると評価することはできない。
さらに、原告行雄は、本件新株の引受に要した費用として、払込金一〇億円とその借入れのための支払利息七九五万二〇五五円を支出したが、これはＤＦＣのために有益な費用であって、ＤＦＣに対し償還を請求することができる（民法七〇二条）。一〇億円の費用については、原告行雄の借入金を同一の条件でＤＦＣが承継するという方法で償還された。また、銀行への支払利息七九五万二〇五五円のうち五二〇万円は、決算期の株主名簿に従って原告行雄が受けた株式配当金のうち本件新株二〇〇万株に係る分五二〇万円と対等額で相殺することで償還を受け、残額は請求しないこととして、事務管理の関係を終了した。
（四） 以上からすれば、本件新株のうち、原告俊行から三井販売に移転した一八万七〇〇〇株及び原告行雄からＤＦＣに移転した二〇〇万株については、それぞれ、新株発行に係る利益は三井販売及びＤＦＣに帰属するものであり、原告俊行及び原告行雄の所得となるものではない。
２ 争点２（一）（第一コーポの株式の価格の算定において、原告会社が三井銀行らに売却したその価格を基に算定すべきか否か）について
（被告武蔵府中税務署長及び被告新宿税務署長の主張）
（一） 原告会社が原告行雄に対し、原告会社が保有する第一コーポ株を昭和六二年三月三〇日に九〇万株、同月三一日に二三万株、それぞれ一株当たり一二〇〇円で譲渡した際の右株式の評価については、後記３（被告らの主張）記載のとおり、類似法人に比準する方式で算定すべきである。
（二） この点、原告らは、第一コーポの株は、昭和六二年三月三〇日に三井銀行らに一株当たり一二〇〇円で譲渡されており、三井銀行らと原告会社とは特別な利害関係はなく、右の価額は野村證券の昭和六一年二月付け鑑定書及び昭和六二年三月付け鑑定意見に基づいた価額であるから、右価額をもって所得税基本通達二三～三五共―九の(4)イに定める「売買実例のあるもの」として評価すべきであると主張する。
しかし、原告らが主張する野村證券の鑑定書（発行価額算定書）に記載されている一株当たりの評価額一二〇〇円は、右鑑定書の算定データ欄に「第二三期及び第二二期の事業報告書による」と記載され、評価額の算定においては、右事業報告書による資本合計と右二期による平均利益金額だけを対象としていること、また、右鑑定意見は純資産価額方式を採用して算定しているが、純資産価額を時価に評価せず簿価で算定していることから、右通達に定める「最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額」に該当するということは相当ではない。
原告行雄が、昭和六二年三月に、原告会社から第一コーポ株を取得する際に、三井銀行新宿新都心支店は、その資金として五億四〇〇〇万円を原告行雄に融資するとともに、同月に原告会社から第一コーポ株を一株当たり一二〇〇円で、七万四〇〇〇株取得している。この際、同支店の担当者は、第一コーポ株に係る含み益を一株当たり一万〇一三〇円と算出していたにもかかわらず、原告会社は、これをはるかに下回る一株当たり一二〇〇円で三井銀行らに譲渡したものであるから、かかる売買価格を「適正と認められる価額」として第一コーポ株を評価することができないことは明らかである。
原告行雄及び原告会社は、当時、原告会社及び第一コーポに係る株式の上場準備の途上にあったところ、三井銀行らに対する第一コーポ株の譲渡は、原告行雄に対する九〇万株の譲渡と同日に、全く同じ価額で行われたという状況にかんがみれば、三井銀行らに第一コーポの株主となってもらうことにより、右会社のいわゆる安定株主を得、かつ、その対外的な信用力を増大させることを目的として行われたものであると認められる。したがって、右譲渡は、右諸事情を勘案して時価より低い価額でされたものであるから、当該譲渡価額を適正な売買実例として採用することはできないというべきである。
以上のことから、原告会社が三井銀行らに譲渡した第一コーポ株の一株当たりの価額一二〇〇円を、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)イに定める「売買実例のあるもののうち適正と認められる価額」と評価することはできないので、第一コーポ株の価額は、後記３（被告らの主張）記載のとおり、右通達二三～三五共―九の(4)ロに定める評価方式を採用して評価することが相当である。
（原告行雄及び原告会社の主張）
（一） 所得税基本通達二三～三五共―九の(4)イは、非上場株式の評価方法について、売買実例のあるものは、最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額による旨規定している。
しかるに、原告会社は、その保有する第一コーポの株式を原告行雄に譲渡した同じ時期に、三井銀行に対し七万四〇〇株、東洋信託銀行に対し七万株を、一株当たり一二〇〇円で譲渡しているのであるから、売買実例があるものというべきであり、右売買実例に従って、一株当たりの価額を一二〇〇円と算定すべきである。
（二） 右の株式の譲渡は全くの第三者との間の正当かつ適切な株式の取引である。すなわち、従前から、原告会社は、三井銀行と東洋信託銀行から、他の金融機関七行（日本債券信用銀行、日本興業銀行、中央信託銀行、三井信託銀行、日本信託銀行、安田信託銀行、住友銀行）と同様の株式の保有を申し込まれていた。右の七行は、全く同様に七万〇四〇〇株（一・五七％）を保有していたため、原告会社として、昭和六一年二月付け鑑定書、昭和六二年三月三日の野村證券の鑑定意見に基づいて、三井銀行に七万〇四〇〇株を譲渡し、東洋信託銀行に七万株を譲渡した（ただし、東洋信託銀行からは、端数の四〇〇株は必要ないとの申出がなされたため、東洋信託銀行のみが七万株となった。）。両銀行と、原告会社とは、特別な利害関係はない。また、野村證券の鑑定に基づく適切な価格による譲渡であり、昭和六二年三月三〇日の三井銀行に七万〇四〇〇株、東洋信託銀行に七万株を譲渡した取引は、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)イにいう売買実例となる取引である。
３ 争点２（二） （原告会社及び第一コーポの株式の価格の算定において、類似法人比準方式によることが合理的であるかどうか、また、被告らの行った算定が合理的であるかどうか）について
（被告らの主張）
（一） 非上場株式の評価について
(1) 所得税通達二三～三五共―九は、非上場株等である場合の所得税法施行令八四条一項に規定する「払込みに係る期日における新株等の価額」の評価について、<１>売買実例のあるものは、最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額（右通達(4)イ）、<２>売買実例のないもので、その株式等を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式等の価額があるものは、当該価額に比準して推定した価額（右通達(4)ロ）、<３>右<１>及び<２>に該当しないものは、当該払込みに係る期日又は同日に最も近い日におけるその株式等を発行する法人の一株又は一口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額（右通達(4)ハ）とする旨定める。
したがって、非上場株等に当たる新株の評価額は、<１>売買実例があればそこから適正価額を導き、<２>売買実例がなく、類似企業に株式等の価額がある場合には、その株価に基づいて算定し、<３>売買実例もなく、また、類似企業にも株式等の価額がない場合には、純資産価額等を参酌して算出されるべきことになる。
また、使用者が役員又は使用人に対して支給する有価証券（発行法人から与えられた新株等を取得する権利を除く。）についても、右通達の定めに準じて評価する取扱いとなっており（所得税基本通達三六―三六）、非上場株等で売買実例がない場合には、類似企業の株価があれば、それに基づいて算定されるべきこととなる。
（二） 本件において採用すべき評価方法
(1) 非上場株式の評価について、所得税基本通達は前記（一）記載のとおり規定する一方、財産評価基本通達（以下「評価通達」という。）一七八は、非上場株等の評価の区分を定め、課税時期における株式発行会社の資本金が一億円以上であれば、原則として評価通達一八〇以下に定める「類似業種比準方式」により評価することとし、納税者が選択した場合には、評価通達一八五以下に定める「純資産価額方式」によって評価することもできることを定めている（評価通達一七九の(1)）。
このように、所得税における場合と相続税における資産の評価方法が異なる理由は、「譲渡所得に対する課税は、資産の譲渡によって資産が所有者の手を離れるのを機に保有期間中の当該資産に係る価値の変動を清算して生じた増加益（キャピタルゲイン）について課税するものであるのに対し、相続税は、相続という財産関係の主たる地位の包括的承継と相続財産の社会的再配分との適正な均衡という配慮の下に相続等による財産の取得に担税力を認めて課税するものであって、譲渡所得に対する課税とは対象、目的を著しく異にするものである」（東京高裁平成三年二月五日判決・税務訴訟資料一八二号二八六頁、その上告審である最高裁平成四年一一月一六日第一小法廷判決・判例時報一四四一号六六頁）とされていることからも明らかなように、相続税は、自然人の死亡という取引によらない偶発的な事象を課税原因として、相続財産を課税物件として、その取得の時における時価（相続税法二二条）によって評価されるのに対し、譲渡所得などに対する所得税（法人税も同様）は、取引から生じる利益（所得）に着目して課される税であるから、取引に即した時価評価が求められることによるものである。
(2) したがって、所得税の課税事案である本件においては、適正と認められる価額による売買実例があるものはその売買実例に基づき評価すべきであるところ、本件においては、適正と認められる価額による売買実例が認められないことから、類似法人の株式等の価額があるかを検討すべきことになる。そして、原告会社及び第一コーポはいずれも資本金の額や売買金額により明らかなとおり、上場会社に匹敵する規模を有する法人であることなどから、右二社とそれぞれ業種内容の類似する上場会社あるいはそれに匹敵する大規模法人の株価を基準にして、評価通達一八〇以下に定められている類似業種比準方式を基礎として、右二社の株式の評価を行うのが相当である。
（三） 本件における原告会社及び第一コーポの株式の価額の算出について
(1) 前記（二）記載のとおり、原告会社及び第一コーポの株式の評価は、評価通達一八〇以下に定められている類似業種比準方式を基礎として算定することが相当であるところ、類似業種比準方式は、上場会社の事業内容を基礎として定められている類似業種比準価額計算上の業種目のうち、評価会社の事業内容と類似するもの（以下「類似業種」という。）を選び、その類似業種の株価、一株（五〇円）当たりの配当金額、利益金額及び純資産価額（帳簿価額）を基礎とし、評価会社の一株（五〇円）当たりの配当金額、利益金額及び純資産価額（帳簿価額）を比準要素として、比準価額を求める方法である（評価通達一八〇）。なお、比準価額を求める際の<１>類似業種の株価は、課税時期の属する月以前三か月間の各月の類似業種の株価のうち最も低いもの（評価通達一八二）、<２>評価会社の配当金額は、直前期末二年間におけるその会社の利益配当金額の合計額の二分の一に相当する金額（いわゆる年平均配当金額）を、直前期末における発行済株式数（ただし、直前期末の資本金額を五〇円で除して計算した数とする。）で除して計算した金額（評価通達一八三(1)）によることとされている。
類似業種比準方式の株価の算定方法は右のとおりであるが、評価通達による定めは、あくまでも相続税の課税目的に沿った評価方式であるから、所得税の課税目的からの株価の評価の観点からすると、必要以上に低めに評価額が算出されるおそれがあることは否めない。
(2) ところで、右の類似業種比準方式における類似業種は、国税庁長官が大分類、中分類及び小分類に区分して定める業種のうち、評価会社の事業が該当する業種目とし、その業種目が小分類に区分されているものあっては小分類、小分類に区分されていない中分類のものにあっては中分類の業種目によることとされるが、納税者の選択によっては、上位分類の業種目を選択することが許される（評価通達一八一）。なお、評価会社が複数の業種目を兼業している場合は、そのうち主たる業種目（単独の業種目に係る収入金額の総収入金額に対する割合が五〇パーセント以上のもの）によることとされている。
これを、原告会社及び第一コーポの業種目の分類にあてはめると、右二社の昭和六一年四月一日から昭和六二年三月三一日までの事業年度及びその前事業年度の法人税の確定申告に係る売上項目別の売上金額及び各売上金額が売上合計金額に占める割合は、別表１<略>のとおりであるから、右二社は、ともに大分類では不動産業、中分類では不動産取引業に該当する。
(3) そこで、課税時期である昭和六二年三月及び同年五月（後記(4)参照）に関係する不動産業と不動産取引業に係る株価、一株当たりの配当金額、利益金額及び純資産価額（いずれも国税庁長官の調査に基づく金額）を類似業種比準方式の評価方法に当てはめると、類似業種の右各金額は、別表２<略>のとおりであり、課税時期以前三か月の株価を右の業種目別に比べた場合、課税時期が昭和六二年三月の場合には、不動産取引業の昭和六二年一月分の九一六円（別表２のＢの<４>欄<略>）が最低額であり、課税時期が昭和六二年五月の場合にも、同じく不動産取引業の昭和六二年三月分の一〇〇二円（別表２のＢの<６>欄<略>）が最低額であることから、本件の類似業種としては、「不動産取引業」を選択し、同業に係る各数額を採用して本件二社の株価を類似業種比準方式に基づいて評価することとする。
(4) 本件における原告会社及び第一コーポの株式の課税時期（評価対象時点）は、第一コーポ株については、前記一６記載のとおり、原告行雄と原告会社との第一コーポ株の売買は、いずれも昭和六二年三月であるから、同年三月時点の評価額を求める必要がある。また、原告会社の株式については、前記一３ないし５記載のとおり、本件新株は昭和六二年三月一一日が割当に基づく払込期日であり、同日までに払込みが終了していること、俊行譲渡株が、同月二六日に売買されていること、行雄譲渡株が同年五月一二日に売買されていることから、同年三月時点及び同年五月時点の評価額を求める必要がある。
そこで、原告会社及び第一コーポの株式について、右各時点別の評価額を計算すると、別表３<略>ないし６<略>のとおりの計算となり、各時点の評価額は、別表６の<31>欄<略>記載のとおりとなる。
なお、評価通達は、類似業種比準方式により評価する場合の<１>類似業種の株価（別表２<略>）及び<２>評価対象となる株式発行法人の一株当たりの利益金額の計算（別表４<略>）において、いずれも納税者が選択した場合は、右<１>の金額を課税時期の前年の平均株価とすること（評価通達一八二）、同じく<２>の金額を直前期末以前二年間の課税所得金額を基礎に求めること（評価通達一八三(2)）を認めている。しかしながら、後記４（被告らの主張）記載のとおり、相続税固有の政策的配慮により、納税者に右選択を認めているものと解されたことなどから、本件における株式の評価に当たっては、右のような選択を排除して求めるのが相当である。
（四） この点、原告らは、本件において、純資産価額方式を採用すべき旨主張する。
(1) 純資産価額方式を採用すべきでない理由
非上場株等の評価方法を定めている所得税通達二三～三五共―九によると、当該株式の売買実例がある場合は、その売買実例に基づいて評価するとされているが、前述したとおり、第一コーポ株等については適正な価額による売買実例が存在しない。類似法人に株式の価額がある場合には、その株価に比準して評価すべきところ、被告らは、当該定めに基づき第一コーポ株等の評価を行ったものである。したがって、被告らは、適正な価額による売買実例も類似法人の株式等の価額もない場合の評価方式として定められている評価会社の「一株当たりの純資産価額等を参酌して」評価する方式を採用しなかったものである。
右の「一株当たりの準資産価額等を参酌して」評価する方式は、具体的な算出方法については何ら明らかにしていないところ、非上場株等の評価方法として、評価通達においては、類似業種比準方式、純資産価額方式及び配当還元方式を定めていることから、所得課税においても右評価通達の定めに基づく純資産価額方式が、「一株当たりの純資産価額等」の求め方の一つとして考えられるところである。
しかし、既に論じたとおり、類似法人の株式等の価額がある以上、評価会社の一株当たりの準資産価額等を参酌する余地はないというべきある。
(2) 原告らの主張する「純資産価額等」の評価が不合理であること
ア 評価時点について
原告らの評価時点である昭和六二年三月一一日は、本件新株を評価すべき時点に合致するのみで、俊行譲渡株、行雄譲渡株及び第一コーポ株を評価すべき時点とは一致しておらず、有価証券や土地が過少に評価されていることが明らかである。また、行雄譲渡株の評価時点は、原告会社の昭和六二年三月期の後の同年五月一二日となることから、昭和六二年三月一一日時点では「土地」であったものが、同年五月一二日時点では当該土地が売却されて「金銭債券等」に変化していることが明らかな資産も認められ、これらの点が評価に及ぼす影響は大きいことから、原告らの採用した評価時点に合理性は認められない。
イ 土地の評価について
原告らが採用した土地の評価方法をみると、<１>当時の時価より低い公示価額を基準としていること、<２>公示価額の路線価に対する倍率をそのまま評価対象土地の路線価に乗じ、価格補正等の修正を行っていないこと、<３>評価の時点修正をすべて都道府県別の住宅地の変動率に基づいて行っていること、<４>一年以内に取得した物件を帳簿価額で評価していること及び時点修正をしていないこと、<５>昭和六二年四月に譲渡した物件の譲渡価額と当該物件の評価額を比較すると評価額が異常に低い価額となっていること、<６>土地と建物を一括譲渡した物件について建物を高く評価していることが認められる。
また、原告らは、当時の地価の情勢に精通していたにもかかわらず、短期間のうちに激しく上昇するという経済事情を無視して、原告会社及び第一コーポが保有する土地の大半を帳簿価格により評価しているところ、それが不当であることは明らかである。
これらのことから、原告らの評価方法に合理性は認められず、その評価額が当時の時価を反映したものではなく、時価に比べて極めて低額となっていることは明らかである。
（五） 原告らは、類似業種比準方式と純資産価額方式との選択を認めない被告の主張は、通則法一〇二条に反し、許されない旨主張する。
しかしながら、通則法一〇二条による裁決の拘束力は、審査請求手続後の争訟段階である課税処分取消訴訟における主張の追加、変更についてまでも裁決の付記理由の拘束力を及ぼそうとするものではなく、国税不服審判所が審査請求を棄却又は却下するに当たり、結論に至る過程においていかなる判断をし、また、いかなる理由付記をしようと、それが、その後の訴訟段階における税務署長の主張を拘束するものではない。原告らのこの点に関する主張は、失当である。
（原告らの主張）
（一） 所得税基本通達の規定する内容及び本件における評価方法について
(1) 非上場株式の価額の評価方式については、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)において規定されているが、本件における株式の評価に当たっても、右通達がまず根拠とされるべきである。
そうすると、本件における株式の評価は、右通達の(4)ロに定める「その株式等を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人」が具体的に示されないとすれば、右通達の(4)ハにおいて規定されている「純資産価額等を参酌して」株価が決定されることとなる。
本件では、被告らにおいて類似する法人は特定されていないのであるから、純資産価額方式に基づいて株価が決定されるべきである。
(2) 右のとおり、本件には所得税基本通達二三～三五共―九の(4)ハが適用されることとなるが、その具体的な計算は、精緻な体系を整え、法人税基本通達においても準用されている評価通達に定める純資産価額方式に基づいて行われるべきである。
(3) この点、被告らは、本件における株式の価額は、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)ロにより算定されるべきであると主張し、具体的には、右通達の文言からすると、評価通達に定める類似業種比準方式によることが許されると主張している。
しかし、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)ロの文言に類似業種比準方式が含まれるとするのは不当である。被告ら主張のように考えるならば、類似業種比準方式は、あらゆる産業を業種として網羅しているのであるから、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)ロがすべての事案に適用できることとなり、同ハの規定は死文化してしまうこととなる。
（二） 法人税基本通達九―一―一五の準用について
(1) 法人税基本通達九―一―一四は、所得税通達二三～三五共―九の(4)の規定と全く同様の規定の仕方をしているところ、法人税基本通達は、次いで、法人税基本通達九―一―一五を定め、評価通達の準用を認めている。
その理由とするところは、課税上執行の混乱を回避し、実務界に定着している評価方式として、いわば一つの割り切りとして、評価通達に定める評価方式の例によるという点にあり、このような考え方は、法人税基本通達のみならず、所得税基本通達においても当てはまるものというべきである。特に、法人税と所得税は同様の所得課税であり、場合によっては、法人と個人とが同一の株式を保有することも予定されているのであるから、法人税基本通達と所得税基本通達とで非上場株式の評価に当たって別個の基準が適用されるとすると、実務上混乱を来すばかりでなく、個人と法人との間で大きな不公平が生ずることとなる。
したがって、本件においても、法人税基本通達九―一―一五を準用して、評価通達の準用をすべきである。そして、これにより評価通達が準用されるとすると、類似業種比準方式と純資産価額方式の選択が認められることとなる（評価通達一七九(1)）。
（三） 株価の算定において、純資産価額方式の選択を許すべきことについて
(1) 本件は、純資産価額方式により株価が算定されるべきものであるが、仮に類似業種比準方式により算定することが承認されるとしても、その際には、当然純資産価額方式との選択の余地が認められなければならない。
右のように解すべきことは、類似業種比準方式が欠陥を内包しているなどの実質的な理由からも、類似業種比準方式の算定方式を定めている評価通達が、類似業種比準方式を適用するに当たっては、純資産価額方式との選択を容認していることからも明らかというべきである。
(2) 被告ら主張の算定方法は類似業種比準方式そのものであるところ、類似業種比準方式による算定については、原告らも、法人税基本通達九―一―一五の準用を主張しているように、これを全面的に否定しているわけではない。結局、原告らは、法人税基本通達九―一―一五を準用し、類似業種比準方式による算定を認めながらも、同通達が容認しているように、評価通達に基づき、純資産価額方式との選択が認められるべきであることを主張しているのである。そうではなく、類似業種比準方式のみによる算定では、類似業種比準方式の弊害が除去されずに、申告納税制度の趣旨にも反する結果となるということなのである。
この点につき、国税不服審判所の裁決においても、「この方法のみによって取引相場のない株式の価額を評価する場合には、有価証券取引市場の市況が過熱気味であればそれが直ちに市場性の乏しい取引相場のない株式の評価額に反映されることになって不合理である。そこで、評価基本通達においては、この弊害を排除するために大会社に該当する会社が発行する株式の評価を行う場合においても、純資産価額方式により算定した価額を限度とすることを目的として、評価基本通達一七九の(1)において上記のとおり定めたものと解するべきである。したがって、その結果、大会社に該当する取引相場のない株式の価額を評価基本通達に基づいて評価する場合には、類似業種比準価額と一株当たりの純資産価額の双方を計算して、そのいずれか低い価額によることができると解するのが相当であるが、このような評価基本通達の定めは、市場性の乏しい取引相場のない株式の評価に当たっては、同通達に基づいて計算した価額がいかなる場合においても客観的な交換価値を越えて算出されないよう、いわゆる評価の安全性を担保するための措置にほかならない」と指摘しているが、右裁決が述べる、「取引市場の市況が過熱気味」である場合に、純資産価額方式が妥当することを指摘する論理は、バブル経済下にあった本件についてはまさに該当する内容である。
(3) また、類似業種比準方式の示す数値については、国民がその適否を検証する方法がないのであるから、類似業種比準方式と純資産価額方式との選択制を認めるべきである。
（四） 通則法一〇二条は、「裁決は関係行政庁を拘束する。」と規定している。右規定は、原処分庁のみならず、原処分庁から権限を承継した行政庁も当該裁決に拘束されるとし、また、その拘束の範囲は、原処分取消しの主文だけではなく、その主文と直結する裁決の理由についても原処分庁を拘束するという趣旨のものと解すべきである。類似業種比準方式と純資産価額方式との選択を認めない被告の主張は、結局、本件における最も重要な争点である原告会社及び第一コーポの株式の時価について、原処分の一部取消しの原因となった、主文と直結し一体不可分の裁決の理由とその結果を無視するものであり、通則法一〇二条の趣旨に反し、許されないものというべきである。
（五） なお、原告らは、被告の算出する類似業種比準方式の単独適用による評価を肯定するわけではないが、被告の類似業種比準方式のよる株価の算定には次のとおり不適切な点がある。
すなわち、別表６の<３>欄<略>の「類似業種の株価」については、評価通達により前年終値平均価格を選択することが認められており、したがって、右の「類似業種の株価」はいずれも八三三円とするのが適切であり、被告らの選択する原告会社の昭和六二年三月時の九一六円、同年五月時の一〇〇二円、第一コーポの九一六円は高値を選択するものとして誤っている。また、同表の<５>欄<略>の「利益金額」についても、評価通達により前年二年平均の価額を選択することが認められており、したがって、右の「利益金額」としては、原告会社の昭和六二年五月時の場合九九円でなく、七三円とするのが適切であり、第一コーポの場合五九円ではなく、四三円とするのが適切である。
そうすると、被告らの前提とする類似業種比準方式により算定したとしても、同表の<31>欄<略>の原告会社の比準価額は昭和六二年三月時で四一八六円、同年五月時で七五六六円、第一コーポの比準価額は五九六六円となる。
４ 争点２（三）（仮に、原告会社及び第一コーポの株式の価格を、純資産価額方式によって算定すべきとした場合に、法人税等相当額を控除すべきであるかどうか）について
（被告らの主張）
（一） 本件においては、前記３（被告らの主張）記載のとおり、原告会社及び第一コーポの株式の評価は類似法人の株価に基づいて評価すべきであるから当然に法人税額相当額を控除することはできないが、仮に、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)ハに定める「純資産価額を参酌して」評価するとしても、所得課税においては、評価通達一八六―二に定める法人税等相当額を控除すべきではない。
（二） すなわち、評価通達一八五は、非上場株等の時価の評価方式の一つとして、純資産価額方式で評価することを定め、同通達一八六―二は、同方式により評価する場合には、評価会社の資産の相続税評価額と簿価との評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除することを認めているところ、その趣旨は、例えば、評価会社が被相続人の個人的な資質や能力に依存していたいわゆるワン・マン会社であって、相続の開始によって事業の継続が不可能になる場合や相続人が会社の資産を自己のために自由に利用あるいは処分したい場合には、会社を解散、清算することにより被相続人が所有していた株式数に見合う財産を手にするほかないところ、その場合に、法人の清算所得があった場合には、その清算所得に対して法人税等が課されるため、個人事業者が直接に事業用資産を所有している場合に比して法人税等相当額分だけ実質的な取り分が減少することになることから、このような株式の評価に当たって、個人が株式の所有を通じて会社の資産を間接的に所有している場合と個人事業主として直接に事業用財産を所有している場合とで両者の事業用財産の所有形態を経済的に同一の条件の下に置き換えた上で相続税課税の均衡を図ることとしたものである。
これに対して、所得課税は、取引から生じる利益（所得）に着目して、そこに担税力を求めて課税されるものであり、事業継続を前提とした会社の株式の評価に当たって、解散を前提とした清算所得に対する法人税等相当額を控除すべきでないことは、最高裁昭和五四年二月二三日第二小法廷判決（民集三三巻一号一二五頁）において、「中小企業等協同組合法に基づく協同組合の組合員が脱退した場合における払戻持分の計算の基礎となる財産の評価は、当該協同組合の事業の継続を前提とし、なるべく有利にこれを一括譲渡する場合の価額を基準とするのであって、現実の解散による清算手続の一環として行うものではないから、組合が解散した場合であることを前提とする所論清算所得に対する公租公課相当額なるものを想定し、これを負債として計上すべきものではないというべきである。」と判示されていることからも明らかである。
（三） 原告らが原告会社及び第一コーポを合併の上その株式を上場しようと計画し、右計画の実現を進めていた本件においては、右二社を解散することは到底考えられず、第一コーポ株等の評価に当たって、たとえ純資産価額等を参酌して評価する場合であったとしても、法人税等相当額を控除すべきでないことは明らかである。
（原告らの主張）
本件において、原告会社及び第一コーポの株式の評価においては、法人税額相当額が控除されるべきである。
（一） 通達上の根拠について
純資産価額方式による株価算定方法の詳細は、評価通達一八五、一八六に規定されている。純資産価額方式による算定は、これらの通達に準拠する以外に計算方法はないところ、評価通達一八六―二は、明確に法人税等相当額の控除を認めている。そして、右の評価通達は、法人税基本通達九―一―一五で法人税に準用されているが、その準用にあたっては、法人税等相当額の控除が実施されることが認められている。
右のとおり、純資産価額方式の算出に当たり法人税等相当額が控除されることは、評価通達一八六―二において明確化され、同じ所得課税であり、本件の算定に当たっても準用されるべき法人税通達九―一―一五が明確に評価通達一八六―二の準用を規定していることからすれば、本件のような所得税に係る株価を純資産価額方式によって算定するような場合にも、評価差額に対する法人税額相当額を控除すべきことは明らかである。
法人税等相当額の控除は、通達上、少なくとも、相続税、法人税との二つにおいては、明確に規定されている。そして、所得税通達もまた、純資産価額方式による算出を認めている。その際には、当然、相続税評価通達に準拠することとなる。所得税として純資産価額方式による計算を行うことは、結局、相続税、法人税と同様の計算方式によって算出されることを当然の前提としているとみなされるべきことである。そのことが、相続税、そして法人税と所得税とがバランスをとって運用される唯一の方途である。所得税が、個人への課税として何か特別な計算方式を規定しない以上、法人税と同様に評価通達が準用されるべきことは、あまりにも当然のことである。
以上からすると、本件において、原告会社及び第一コーポの株式の評価に当たっては、評価通達に基づき、また、法人税基本通達九―一―一五の準用によって、相続税、法人税と同様に法人税等相当額は控除されなければならない。
（二） 法人税と所得税を同一にとらえるべきことについて
被告らは相続税と所得税の相違を強調するが、法人税と所得税との共通性と統一的運用の重要性を重視すべきである。
現実の問題として、個人と法人とが同一銘柄の株式を保有することのあることは当然のことであり、その場合に、別な基準に基づいて課税がされるとすると実務上混乱を来すとともに、個人と法人との負担の公平を確保することができなくなってしまうのであるから、法人税と所得税においては、同一の基準が採用されるべきである。
そうすると、前記（一）記載のとおり、法人税においては、株式の評価額を算出する際に評価差額に対する法人税相当額の控除が認められるのであるから、所得税においても同様に右法人税相当額の控除が認められるべきである。
（三） 評価差額に対する法人税相当額が本来的に控除されるべきことについて
取引相場のない株式の価格を純資産価額方式により算定する場合において、資産の価額を時価によるとすれば、当然、その時価の中には、未実現の評価益に相当する部分が含まれることとなる。
評価益も未実現のものを計算するのであり、したがって、実質的価値に相当する評価額を定めるためには、その未実現評価益に対する法人税等相当額は同様に未実現であっても、その評価益の額から控除すべきである。
したがって、かかる観点からも、評価差額に対する法人税額相当額は控除されるべきである。
５ 争点２（四）（各評価時点における原告会社及び第一コーポの一株当たりの時価はいくらか）
（被告らの主張）
（一） 原告会社の一株当たりの価格も、前記３の（被告らの主張）記載の評価方法によるべきであり、そうすると、その昭和六二年三月期及び同年五月期の一株当たりの価格は、別表６<略>記載のとおりそれぞれ五二五四円と、一万一六二九円と評価される。
（二） 第一コーポの一株当たりの価格は、前記３の（被告らの主張）記載の評価方法によるべきであり、そうすると、その昭和六二年三月期の一株当たりの価格は別表６<略>記載のとおり八〇〇〇円と評価される。
（原告らの主張）
（一） 原告会社の一株当たりの価格は、純資産価額方式により算定し、その場合には法人税等相当額を控除すべきであり、そうすると、その価格は別表７<略>、８<略>記載のとおり四四九〇円となる。
（二） 第一コーポの一株当たりの価格は、売買実例に基づき算定すべきであり、その価格は一二〇〇円となる。そして、その場合、賞与に相当する金額は存在しないことになる。また、仮に、第一コーポの株式の価格の算定につき、売買実例に基づく算定が認められないとすると、右価格は純資産価額方式により算定し、その場合には法人税等相当額を控除すべきであり、そうすると、第一コーポの一株当たりの価格は別表９<略>記載のとおり二六六四円となる。
６ 争点３（原告行雄の予備的請求に係る訴えのうち、行雄更正処分の申告額以下について取消しを求める部分が適法な訴えであるかどうか）について
（被告武蔵府中税務署長の主張）
（一） 源泉徴収税額と受給者の立場について
所得税法一二〇条一項（ただし、昭和六三年法律第一〇九号による改正前のもの）の規定により確定申告をする居住者は、総所得金額若しくは退職所得金額又は純損失の金額の計算の基礎となった各種所得につき同項五号の「源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額」がある場合には、これを算出所得税額から控除して納付すべき所得税の額を計算し、その結果納付すべき税額があるときは、これを国に納付しなければならないものとされ（同号、一二八条）、また、右の計算上控除しきれなかった金額があるときは、その金額に相当する所得税の還付を受けることができるものとされている（一二〇条一項六号、一三八条）。
右にいう「源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額」（源泉徴収税額）の意義等について、判例は、仮に源泉徴収が現実になされていなくても、源泉納税義務者（受給者）は確定申告の段階で源泉徴収されるべき税額を控除して申告をすべきものとされ、国は源泉徴収されるべき税額については、受給者から直接取り立てることはできず、あくまで源泉徴収義務者から取り立てるべきものとされていることを明らかにしている。
したがって、源泉徴収義務者が源泉徴収すべき給与等の支払時にこれをしてなかったとしても、右給与等の受給者は正当に源泉徴収されるべき税額を算出した上でこれを源泉徴収税額として確定申告における納付すべき税額の計算をすべきこととなり、その結果、納付すべき税額がなく、還付税額が生じたとしても、当該計算に基づく確定申告は是認されることとなる。
（二） 源泉徴収税額を誤って納付すべき税額を過大に計算した場合の救済
(1) 確定申告における納付すべき税額を計算するに当たり、源泉徴収税額を正当額より過少に計算し、その結果納付すべき税額を過大に申告した納税者の救済は、過大申告の原因が、通則法二三条一項一号に規定する「当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったこと」にあるから、同項の規定に基づき、当該申告書に係る国税の法定申告期限から一年以内に限り、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正の請求をすることにより図られることになる。
(2) これを原告行雄についてみるに、原告行雄が予備的請求で取消しを求めている行雄更正処分のうち申告額以下の部分は、原告行雄が昭和六二年分の確定申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が、国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったため、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大となった部分であり、原告行雄は、本来、法定の期限内に被告武蔵府中税務署長に対して通則法二三条一項一号に基づく更正の請求をすることにより、確定申告書に過大に記載した部分の納付すべき税額の減額を求め得たということになる。
しかしながら、本件において、原告行雄が法定の期限内に更正の請求を行った事実はないのであるから、現段階では、もはや原告行雄には、源泉徴収税額を誤ったことにより納付すべき税額を過大に確定申告していた事実があったとしても、その申告を是正するような救済を求める手段はないものといわなければならない。
（三） 以上のとおり、原告行雄については、確定申告の際に、既に課税標準等若しくは税額等の計算を国税に関する法律の規定に従って行いうる条件は整っていたものであり、かつ、通則法二三条一項に基づいて適法な期間内に更正の請求をすることは十分に可能であったにもかかわらず、当該権利を行使しないまま期限を徒過したことが更正の請求の手続によることのできない原因であり、加えて、行雄更正処分自体によって原告行雄が権利利益の侵害を受けた部分は、あくまでも自己の確定申告における納付すべき税額を超える部分に限られるから、結局、原告行雄が行雄更正処分の取消しを求めうる範囲は、確定申告における納付すべき税額を超える部分に限られ、原告行雄の予備的請求に係る本件訴えのうち、同額以下の部分の取消しを求める部分は不適法なものである。
（原告行雄の主張）
（一） 原告行雄は、確定申告において記載した所得の種類、金額、算出所得税額について、それらの金額以下の金額を主張するものではない。
原告会社及び原告行雄は、予備的請求の請求原因として、第一コーポ株の譲渡が低額譲渡であることを認め、認定賞与とされるべき経済的利益の供与の金額が一六億五四三二万円、これにより原告会社が源泉徴収すべき所得税額が一〇億二四〇三万六五八四円であることを認めたが、かかる給与所得の金額及び源泉徴収税額は、原告行雄の確定申告には表示されていないものであって、被告武蔵府中税務署長の行雄更正処分によって加算された給与所得金額及びこれに伴う源泉徴収額を原告らの主張する前記記載の金額まで減額を求めるためには、通則法二三条所定の更正の請求の手続によることはできず、行雄更正処分の一部取消しを求めるほかない。右の予備的請求の請求原因によれば、原告行雄の申告納税額は、確定申告による金額を超えているものの、源泉徴収税額もまた確定申告における金額を上回っているため、申告書上の順序に従って計算をすれば、納付すべき所得税はないこととなり、還付金に相当する金額が算出されることとなる。
このような場合に、税額計算の最終段階である納付すべき税額がなくなり、還付金に相当する金額が生ずるとする請求の趣旨については、それが税額において確定申告による納付すべき税額を下回るからという理由のみで訴えの利益がないとするのは形式的な考え方であって合理的ではない。源泉徴収所得税の制度は、所得税徴収の便宜のために、給与所得となるべき収入金額の支払の際に、その支払者に源泉徴収、納付義務を課しているという、個人の年間所得に対する税の前取りであって、本来は確定申告に統合、清算されるべきものであるからである。
（二） 本件の場合に、原告会社及び原告行雄の救済のためには、まず、原告会社が本件告知処分の一部取消請求の訴えを提起し、その勝訴判決が得られた後に原告行雄はその判決を援用して通則法二三条二項一号の規定による更正の請求の手続をとらなければならなくなるが、これはあまりに迂遠な手続であるばかりでなく、原告会社の提起した訴えに係る判決が当事者となっていない原告行雄との関係で通則法二三条二項一号の「判決」に該当するかどうかについても疑問がある。
右に加えて、本件のように、源泉徴収義務者である原告会社が原告行雄に対する給与の支払があるとしてされた本件告知処分の一部取消しを求め、それを前提として、原告行雄は自らに対する行雄更正処分の一部取消しを求めており、右二つの訴えが併合して審理されているような場合には、二つの処分の論理の整合性からも、訴訟経済の見地からも、原告行雄の予備的請求に係る訴えのうち、原告行雄の昭和六二年分の所得税の申告額以下の部分の取消しを求める部分につき訴えの利益が認められるべきである。
第三当裁判所の判断
一 争点１（本件新株の引受に係る所得の帰属先はどこか）について
１ 前記第二の一記載の事実に、<証拠略>を併せれば、以下の事実が認められる。
（一） 原告行雄及び原告俊行は、昭和六二年当時、いずれも、原告会社の役員であり、原告会社の株主であった。また、ＤＦＣ及び三井販売は、いずれも原告会社の株主であった。
昭和六二年二月当時、原告会社の株主及びその各保有株式数は次のとおりであり、原告会社の発行済株式数は一〇〇万株であった。
(1) 原告行雄 八万〇二〇〇株
(2) 原告俊行 四〇〇〇株
(3) ＤＦＣ 八〇万〇〇〇〇株
(4) 三井販売 九万三〇〇〇株
(5) 佐藤良治 五〇〇〇株
(6) 佐藤登志子 四〇〇〇株
(7) 神長安彦 二六〇〇株
(8) 蔭山照敏 二〇〇〇株
(9) 中田静野 二〇〇〇株
(10) 森田理英子 二〇〇〇株
(11) 樋口信夫 一〇〇〇株
(12) 佐藤英美子 一〇〇〇株
(13) 川合利明 八〇〇株
(14) 児玉俊助 八〇〇株
(15) 内藤勝人 四〇〇株
(16) 小野三郎 四〇〇株
(17) 篠利治 四〇〇株
(18) 香川孝雄 二〇〇株
(19) 臼井秀雄 二〇〇株
（二） 原告会社は、三〇〇万株の新株を発行することとし、昭和六二年二月九日に開催された臨時取締役会において、発行価額を一株当たり五〇〇円として、原告行雄に二〇〇万株、原告俊行に八四万株、ＤＦＣに一六万株をそれぞれ割り当てる旨の決議をした。なお、本件新株の発行は、第三者に対する有利発行に該当するが、第三者に対して新株を有利発行する場合に必要とされる株主総会の特別決議（商法二八〇条の二第二項）、新株発行事項の公告又は株主への通知（商法二八〇条の三の二）はなされていなかった。
右臨時取締役会には、全取締役一七名のうち一三名が出席した。出席した取締役は、原告行雄（代表取締役）、神長安彦、仁瓶俊雄、原告俊行、馬場駿、蔭山照敏、川合利明、関久彌、鯨岡豺二郎、篠利治、後藤秀憲、川西武彦、三井宣雄であり、三井販売の常務を兼ねる取締役である犬塚昌一（以下「犬塚取締役」という。）は出席していなかった。
（三） 本件新株の割当を受けた原告行雄は、本件新株を引き受けるのに必要な一〇億円を、日本債券信用銀行から一億円、第一勧業銀行新宿西口支店から三億円、三井銀行新宿新都心支店から三億円、三井信託銀行新宿西口支店から三億円をそれぞれ借り入れることによって調達することとした。
原告行雄が借入れをする際の各銀行の貸出協議書等には、本件新株を原告行雄が引き受ける理由等について以下のような記載がある。
(1) 第一勧業銀行の貸出協議書には、今回の増資の背景として、原告会社及び第一コーポは将来株式の上場を展望していること、現状では、右の二社がそれぞれ単独で上場を目指すのか、両者が合併して上場するのか未定であること、原告会社としては、資本金を現在の五億円から第一コーポの規模である二二億七三〇〇万円まで増やす意向を固めて今回の増資を実施する運びとなったことが記載され、増資割当について、創業者メリットを獲得する観点から原告行雄を主体に割り当てること、従来から原告会社グループ各社上層部では創業者メリットの獲得について方策を練っていたが、今回の増資をとらえて具体化の第一段とするものであることが記載され、貸付金の返済方法については、返済原資は、右株式の上場後の株式市場放出により充てることが記載されている。
(2) 日本債券信用銀行の稟議書には、原告会社は、自己資本の充実及び対外信用力のアップを目的に、現在の資本金五億円を二〇億円に増資することになったこと、割当先は、創業者利潤の確保及び社長である原告行雄の持ち株比率のアップという観点から、原告行雄に一〇億円（二〇〇万株）、原告俊行に四億二〇〇〇万円（八四万株）、ＤＦＣに八〇〇〇万円（一六万株）というものであること、償還については、第一コーポ株を上場時に放出する余剰金及び個人資産売却等による資金を見込んでいることが記載されている。
なお、日本債券信用銀行からは、原告俊行も、本件新株の引受のために融資を受けているが、原告俊行に係る審議書にも、右と同様の記載がある。
(3) 三井銀行の貸付に係る申請書添付の別紙には、借入金の返済資金として、株式を上場後市場にて売却の上本件借入れに充当する旨の記載がある（なお、当該申請書において、前記第二の一６記載の第一コーポの株式を原告会社から譲り受けるための借入れの申請と本件新株の引受のための借入れの申請とが同時に行われている。）。
（四） 原告行雄、原告俊行及びＤＦＣは、昭和六二年三月一一日、本件新株に係る払込みをし、前記（二）の割当どおりに本件新株を引き受けた。
（五） 三井販売は、本件新株の発行以前において、原告会社の株式九万三〇〇〇株を所有し、その持ち株比率は九・三パーセントであったが、本件新株が原告行雄、原告俊行及びＤＦＣのみに割り当てられ、その結果、三井販売の持ち株比率が二・三二パーセントに減少したことから、原告会社に対し、持ち株比率が変化することについて異議を申し立てた。なお、原告会社は、本件新株発行の前年の昭和六一年七月にも一億九〇〇〇万円の増資を行い、全額をＤＦＣにおいて引き受けたが、その際には、三井販売から特段の異議が出されたことはなかった。
右の異議を受けて、原告行雄、原告俊行及び原告会社らが協議した結果、本件新株のうち原告俊行が引き受けた八四万株の一部を三井販売に譲渡することとし、三井販売とも協議した結果、一八万七〇〇〇株を原告俊行から三井販売に一株五〇〇円で譲渡することとした。
そこで、原告俊行は、昭和六二年三月一九日に開催された原告会社の取締役会において、三井販売への譲渡に係る承認を得た上で、同月二六日付けで、本件新株のうち原告俊行が引き受けた八四万株の一部である一八万七〇〇〇株を一株当たり五〇〇円、総額九三五〇万円で三井販売へ譲渡した。原告俊行は、同月二七日に、日本債券信用銀行から借り入れていた二億円のうち、四三五〇万円を返済した。
（六） 前記（二）ないし（四）記載のとおり、原告行雄は、本件新株のうち二〇〇万株を引き受けたが、そのすべてをＤＦＣに譲渡することとし、昭和六二年五月一二日付けで、本件新株のうち原告行雄が譲り受けた二〇〇万株を一株当たり五〇〇円、総額一〇億円でＤＦＣへ譲渡した。そして、その後、同年六月二九日に開催された取締役会において、右譲渡に係る承認を得た。
原告行雄が本件新株を引き受ける際に、銀行からの借入れによって払込金額一〇億円を調達したことは前記（三）記載のとおりであるところ、ＤＦＣは、原告行雄に対する右譲渡価格一〇億円の支払について、右各銀行と協議を行い、三億円は、原告行雄がＤＦＣの債務を保証することを前提として、三井銀行に対する原告行雄の債務をＤＦＣが承継するという形で支払うこととし、残りの七億円は、その他の第一勧業銀行、日本債券信用銀行及び三井信託銀行に対する債務を原告行雄がいったん全額を弁済し、ＤＦＣが原告行雄の保証の下に新規に融資を受けて支払うという形をとることとなった。その際、ＤＦＣが融資を受ける条件は、原告行雄が従前融資を受けた際と同一の条件とされた。
ＤＦＣが借入れ等をする際の各銀行の受付協議書等には、ＤＦＣが原告行雄から行雄譲渡株を譲り受けることとなった経緯等について以下のような記載がある。
(1) 第一勧業銀行の貸出申請書（個別）添付の補足説明には、ＤＦＣが原告行雄から株式を購入する経緯について、昭和六二年三月時点では、増資割当に際しては、創業者メリットの追求から原告行雄に主に割り当て、増資後において株式数二〇八万株、発行済株式総数の五二パーセントを取得することとなったが、同年四月に故小佐野賢治氏の姪と原告俊行の結婚にみるごとく、小佐野家と親密な関係ができてきたところへ、故小佐野氏の相続税が思ったより少なく、生前より対策を施していた旨の情報を得た模様で、以降一転して手持資産の分散を検討し始めた旨、本件もその一環で、資産の運用会社であるＤＦＣへ二〇〇万株を売却するものである旨の記載がある。
(2) 日本債券信用銀行の受付協議書には、原告行雄は、相続対策の必要上、原告会社の株式をその持株会社であるＤＦＣに譲渡することとなったものであることが記載されている。
(3) 三井銀行の貸付に係る申請書添付の支店意見には、申出事情として、原告行雄は、将来株式の上場を考えて増資払込金一〇億円を四行から借り入れて調達したが、当初の原告会社と第一コーポを合併して株式を上場するという構想から、第一コーポ単独での株式の上場の構想に変更した旨、右の変更に伴い、原告行雄個人の借入れについては、上場後の株式売却による創業者メリットがなくなり、借入れ負担のみ残る形となることから、ＤＦＣに右借入金債務を引受けさせ、原告会社の株式を買取らせることにしたいとの要請があった旨の記載がある。
（七） 原告行雄は、ＤＦＣに譲渡した二〇〇万株の株式の配当として、五二〇万円を受領したが、ＤＦＣには五二〇万円を渡していない。
２ 右に認定したとおり、本件新株はいったん原告行雄に二〇〇万株、原告俊行に八四万株ずつそれぞれ有効に発行され、その後、原告行雄からＤＦＣに二〇〇万株が、原告俊行から三井販売に一八万七〇〇〇株がそれぞれ譲渡されたものであるから、本件新株は原告行雄及び原告俊行が実質的に引受け、取得したものというべきであり、本件新株の引受に係る所得も原告行雄及び原告俊行に帰属するものというべきである。
３ この点、原告行雄及び原告俊行は、本件新株のうち、原告行雄からＤＦＣに譲渡された二〇〇万株及び原告俊行から三井販売に譲渡された一八万七〇〇〇株について、それぞれの、新株発行に係る利益はＤＦＣ及び三井販売に帰属するものであり、原告行雄及び原告俊行の所得となるものではない旨主張する。
（一） まず、原告行雄らは、原告俊行から三井販売に移転した一八万七〇〇〇株について、本件新株発行は第三者に対する有利発行に該当するにもかかわらず、株主総会の特別決議が行われていないなど瑕疵のあるものであり、そのことについて三井販売から指摘を受け、その是正をせざる得なくなったが、いったん行われた手続を無効として、新株主への払戻、減資等の手続を行うことは困難であったので、事実上の是正措置として、右の一八万七〇〇〇株を三井販売へ譲渡したものであるとし、右の一八万七〇〇〇株については、原告俊行が引き受けたものではなく、三井販売が引き受けたものとみるべきである旨主張する。
しかしながら、本件新株が発行される前に、原告行雄、原告俊行及びＤＦＣにおいて、原告会社の株式の九〇パーセント近くを保有していたのであるから、新株を第三者に有利発行するために必要な株主総会の特別決議を得ることは原告らにとって容易だったのである。それにもかかわらず、原告らが右の特別決議を経なかったのは、本件新株発行においては原告行雄を主体に割当を行ってその持ち株比率を高めることに主眼が置かれたところ、有利発行を明確にすれば、時価と発行価額の差額を引受人の利益として税務申告しなければならなくなることから、その点をあいまいにするためにあえて右の特別決議によらなかったものと推認される。そして、仮に株主総会の特別決議を欠いたという理由で本件新株の発行の効力が問題にされたとしても、取締役会で有利な発行価額による第三者割当の決議がされていれば、右の特別決議がなくても、その発行自体は有効なものと解されているのであって、原告らとしては、株主総会の特別決議がされていないという瑕疵があるからといって、必ずしも三井販売からの申出に応じる必要はなかったものである。また、原告らは、本件新株発行事項の公告又は株主への通知の欠缺の点でも本件新株の発行手続に瑕疵があったというが、<証拠略>によれば、原告会社は、三井販売の常務取締役であり、原告会社の取締役でもある犬塚取締役に対しても、昭和六二年二月九日の臨時取締役会の開催通知を行ったものと認められるから、三井販売は、右取締役会で本件新株発行の件の決議がされることを認識していたものと推認されるのであって、右手続の瑕疵について三井販売がその是正を求めたものとは考えられない。実際にも、<証拠略>によれば、俊行譲渡株の三井販売への譲渡の承認に関する原告会社の取締役会決議においては、右譲渡が本件新株発行の手続の瑕疵を事実上是正するために行われるものであることをうかがわせる何らの記載もないことが明らかであり、また、そもそも、原告らの主張の本件新株発行の手続上の瑕疵を真に是正するというのであれば、株主割当とするか、発行価額を適正な価額として割当をやり直す以外に方法はないと考えられるが、俊行譲渡株の三井販売への譲渡等によってはそのような是正がされたことにはならないものである。
<証拠略>によれば、三井販売は、本件新株発行の手続の瑕疵を問題にしておらず、単に三井販売への新株の割当がなく、原告会社の持ち株割合が低下したことについて不満を述べていたにとどまっていたものと認められ、このことに右に説示した点を併せてみれば、俊行譲渡株の三井販売への譲渡は、本件新株の発行が有効になされたことを前提として、事後的にその持ち株割合が二・三パーセントまで低下したことに対する不服の申出に応じ、その持ち株割合を回復させるために行われたものと認めるのが相当であり（これにより七パーセントまで回復した。）、本件新株発行の手続の瑕疵の事実上の是正措置として右譲渡がされたとの主張は事実に反するものというべきである。
（二） 次に、原告行雄らは、原告行雄が引き受けた本件新株二〇〇万株について、本来ＤＦＣに割り当てられるものであったが、ＤＦＣが株式引受け資金を準備することができなかったため、右資金を準備することができるようになるまでの間とりあえず原告行雄が取得するとしたものである旨、また、三井販売と同様に新株発行手続の瑕疵の事実上の是正措置としてＤＦＣに譲渡されたものである旨主張して、右二〇〇万株に新株発行に係る利益はＤＦＣに帰属するものである旨主張する。
(1) しかし、原告行雄が借入れをする際の貸出協議書等には、前記１（三）記載のとおり、いずれも、本件新株発行の背景事情として、原告行雄が創業者としての利潤を確保したいとの意向があった旨、返済原資についても、株式を売却した資金をもってこれに充てる旨の記載がされていること、ＤＦＣが借入れ等をする際の受付協議書等には、前記１（六）記載のとおり、第一勧業銀行の貸出申請書（個別）添付の補足資料及び日本債券信用銀行の受付協議書には、相続税対策の必要上ＤＦＣに譲渡することとなったとの記載があること、三井銀行の申請書添付の支店意見には、創業者メリットがなくなり、借入れ負担のみ残ることからＤＦＣに譲渡する旨の記載があることからすれば、右二〇〇万株は、あくまでも原告行雄が自らの計算において本件新株を引き受けたものと認めるのが相当である。
この点、原告行雄らは、右の貸出協議書等の記載には証拠としての価値がないとしてるる主張するが、右の貸出協議書等は金融機関内部の資料とはいえ、多額の金銭の貸出しに関する資料となるものであるから、全く根拠のない虚偽の事実が記載されるとは一般的には考えにくいところ、その記載が虚偽であることをうかがわせる資料はなく、また、本件新株の発行に際して原告行雄の創業者利益を確保するという観点から割当がされたこと、その後、事情の変更によりＤＦＣに譲渡することとなったという点においては、いずれの記載も一致しているのであって、右の貸出協議書等の記載に証拠としての価値がないということはできない。
なお、原告行雄らは、原告会社の増資が、合併、創業者利益を確保するという目的ではなく、本来の原告会社の企業力強化のために行われたものである旨主張するが、原告会社の企業力の強化を目的として増資が行われたということと、新株の割当に際して、創業者利益を確保するために原告行雄に重点的に新株を割り当てるということとは矛盾しないのであるから、右の原告行雄らの主張は前記２の認定を妨げるものではない。
そして、原告行雄らは、原告会社の株価は額面割れしていたと理解していたのであり、そのことは樋口公認会計士からも指摘されていたのであるから本件新株の発行が創業者利益の獲得を目的とした増資であるという実態は存在しないとも主張する。しかしながら、証拠（<証拠略>）によれば、原告行雄が本件新株の引受金の融資を受けた際に、三井銀行新宿新都心支店は原告会社に依頼して、昭和六一年末を価格時点としてその保有する有価証券及び多額の土地についての再評価をしてもらった上で、その再評価額等を基にして、原告会社には六四四億六〇〇〇万円の含み資産があるとの算定をしていることが認められるのであって、このことからすれば、原告行雄らにおいて原告会社の株価が額面割れしていたと理解していたものとは考えられない。また、<証拠略>によれば、樋口公認会計士は、株価の評価は路線価によって評価を行うことを前提として、原告会社の株式は価値がない旨指摘していたことが認められるところ、右はあくまでも路線価によって評価した場合の話にすぎないのであり、樋口公認会計士の指摘をもって、原告行雄らにおいて原告会社の株式が価値のないものと考えていたということはできない。
(2) 原告行雄らは、本来ＤＦＣが引き受けるべき右二〇〇万株を原告行雄が代わって引き受けたのは、ＤＦＣが一〇億円もの借入れをする能力を有していなかったからであると主張するが、本件新株の発行からわずか二か月後の昭和六二年五月には、原告行雄の保証の下で、第一勧業銀行等から合計一〇億円の借り入れをしているのである（三井銀行に係る債務については、原告行雄の債務を承継するという形式が採られたことについては前記１（六）記載のとおり。）から、本件新株の発行時においてＤＦＣが新株の引受のための資金を借り入れる能力がなかったという原告行雄らの主張は不合理である。実際にも、証拠（<証拠略>）によれば、ＤＦＣは、本件新株の発行時には、ＤＦＣが原告行雄の保証の下で借入れをするという交渉はしておらず、他方、仮にかかる交渉をすれば、少なくとも日本債券信用銀行においてはほぼ確実に融資の実行をしたであろうことが認められるのであるから、原告らの右主張を採用することはできない。
(3) さらに、原告らは、右二〇〇万株が原告行雄からＤＦＣに譲渡された理由について一方では、ＤＦＣが株式引受け資金を準備することができなかっため、右資金を準備することができるようになるまでの間とりあえず原告行雄が取得することとしたものである旨主張し、他方では、三井販売と同様に新株発行に係る瑕疵を是正する必要が生じ、その実質的な是正措置として譲渡されたものである旨主張するなど、その主張は一貫しているとはいい難く、原告らの主張は不合理な弁解であるといわざるを得ない。
のみならず、<証拠略>によれば、行雄譲渡株のＤＦＣへの譲渡の承認に関する原告会社の取締役会の決議においては、右譲渡が本件新株発行の手続の瑕疵を事実上是正するために行われるものであることをうかがわせる何らの記載もないことが明らかであり、また、既に述べたとおり、そもそも、原告らの主張の本件新株発行の手続上の瑕疵を真に是正するというのであれば、株主割当とするか、発行価額を適正な価額として割当をやり直す以外に方法はないと考えられるが、行雄譲渡株のＤＦＣへの譲渡等によってはそのような是正がされたことにはならないものである。
(4) 原告行雄らは、原告行雄の本件新株二〇〇万株の引受は、ＤＦＣの利益のためにした事務管理行為である旨主張するが、原告行雄の本件新株の引受は創業者利益の確保等を目的として自らの計算においてなされたものであることは既に認定したとおりであり、右引受がＤＦＣの利益のためその事務管理としてなされたものということはできない。
二 争点２（一） （第一コーポの株式の価格の算定において、原告会社が三井銀行らに売却したその価格を基に算定すべきか否か）について
１ 前記第二の一６及び７（一）記載のとおり、原告会社は、原告行雄に対し、原告会社が保有する第一コーポの株式を昭和六二年三月三〇日に九〇万株、同月三一日に二三万株、いずれも一株当たり一二〇〇円で譲渡し、これに対し、被告武蔵府中税務署長は、第一コーポの一株の価額を一万三一五一円と評価して、一二〇〇円との差額について原告行雄の給与所得の収入金額に加算している。
第一コーポ株は、取引相場や気配相場のない株式であるが、かかる株式の一株当たりの価額を算定するについては、売買実例が存在し、その売買価格が適正なものと認められれば、その価額をもって算定するのが合理的であるというべきである。所得税基本通達二三～三五共―九の(4)イもこのことを明らかにしたものであると考えられる。
この点、原告行雄及び原告会社は、昭和六二年三月三〇日に原告会社から三井銀行及び東洋信託銀行に第一コーポの株式を一株当たり一二〇〇円で売却した売買実例が存在し、右価格は適正な価額であるから、右価格をもって第一コーポ株の一株当たりの価額とすべきである旨主張する。
そこで、右の売買価額が適正な価格であるといえるかどうか検討する。
２ 前記第二の一記載の事実に、<証拠略>を併せれば、以下の事実が認められる。
（一） 原告会社は、その保有する第一コーポの株式のうち七万〇四〇〇株を三井銀行に対し、七万株を東洋信託銀行に対し、いずれも一株当たり一二〇〇円で昭和六二年三月三〇日に譲渡した。これは、日本債券信用銀行等の長期信用銀行、住友銀行等の都市銀行、三井信託銀行等の信託銀行、日本生命保険相互会社等の生命保険会社がいずれも第一コーポの株を保有している（その大多数は、保有株式数七万〇四〇〇株、持ち株比率一・五七パーセントである。）ことから、新規に三井銀行及び東洋信託銀行にも第一コーポの株主として参加してもらうことを企図して譲渡されたものであり、譲渡株式数は、右の他の金融機関等と歩調を合わせて七万〇四〇〇株とされ、ただ、東洋信託銀行は、端数の四〇〇株は不要であるということであったので、七万株とされたものである。これにより、第一コーポの大株主は、別紙四<略>のとおりとなった。
（二） 右（一）の一株当たり一二〇〇円という価額は、昭和六一年二月付けで野村證券株式会社第二企業部が発行した発行価額算定書（以下「発行価額算定書」という。）及び昭和六二年三月三日付けの株式会社住宅流通センター（第一コーポの前身）株式売却資料（以下「売却資料」という。）によるものである。
発行価額算定書で採用された算定方式は、第一コーポの最終の貸借対照表における純資産価額方式と最近二事業年度の平均当期利益による収益還元方式との折衷により算定するというものであり、具体的には、<１>資本合計二一億六四〇四万二〇〇〇円（その内訳は、資本金一二億八〇〇〇万円、法定準備金一億七五〇五万円、剰余金七億〇八九九万二〇〇〇円である。）を発行済株式総数二五六万株で除して求めた一株当たりの評価額八四五・三三円と<２>最近二事業年度の平均当期利益三億八三七六万九〇〇〇円（第二二期の一億七九三八万七〇〇〇円と第二三期の五億八八一五万一〇〇〇円との合計額。）を発行済株式総数二五六万株及び還元利回り一〇パーセントで除して求めた一株当たりの評価額一一七二・二二円を基に、一株当たりの評価額を一二〇〇円と算定したものである（なお、第二二期は、昭和五八年九月一日から昭和五九年八月三一日までであり、第二三期は、昭和五九年九月一日から昭和六〇年八月三一日までである。）。
また、売却資料で採用された算定方式は、純資産価額方式であり、具体的には、第一コーポの昭和六〇年四月から昭和六一年三月までの第二四期の自己資本額四七億二〇〇〇万三〇〇〇円を発行済株式総数四二一万五〇〇〇株で除して求めた一株当たりの評価額一一一九・八一円を基に、一株当たりの評価額を一二〇〇円と算定したものである。
第一コーポの第二四期ないし第二六期の資本合計及び当期利益はそれぞれ、第二四期（昭和六〇年四月一日から昭和六一年三月三一日）において、四七億二〇〇〇万三八六〇円、七億〇四〇三万四〇三〇円、第二五期（昭和六一年四月一日から昭和六二年三月三一日）において、六〇億五一一九万二一三七円、一四億二七九一万五六七七円、第二六期（昭和六二年四月一日から昭和六三年三月三一日）において、七六億六二四五万三四八五円、一九億三九五二万一三四八円である。
（三） 原告行雄が本件新株の引受のための資金を借り入れる際の日本債券信用銀行の稟議書には、第一コーポの株式は、一株当たり一二〇〇円の値が付けられているが、右は純資産価額方式（簿価ベース）と収益還元方式の平均値によって算出したものであり、純資産方式を時価ベースで計算し直すと株価の含み益が十分見込まれると思われる旨の補足説明が記載されている。また、同様に原告行雄が資金を借り入れる際の三井銀行の申請書添付の支店意見には、保有資産の時価評価により計算すると、第一コーポには四八六億四七〇〇万円の含み資産があると認められ、したがって、同社の株式については価格面からは問題がない旨の記載がある。右の含み資産の額は、三井銀行新宿新都心支店から第一コーポに依頼して、昭和六一年一二月末時点で有価証券等の価格を再評価してもらい、再評価された価額を基に算出されたものであり、有価証券の再評価の価額の適否については、当時、同支店の融資担当主任であった桐生泰明が新聞に掲載される株価と照合して確認している。また、同支店は、土地については、高額な物件のみを再評価してもらい、他の物件については簿価でそのまま計算してもらうようにし、地価が上昇している時期にあって、いわば堅めの評価をしてもらうよう依頼しており、桐生は、不動産業者の間では原告会社及び第一コーポの値決めは適切であるとの評判があったことから、土地の再評価も適切に行われたものと判断した。
三井銀行が第一コーポの株式を取得したのは、含み益があることから売却した場合に利益が出ることを予期して取得したのではなく、長期保有を目的とし、第一コーポとの円滑な取引を継続するために取得したものである。
３ 右のとおり、原告会社から三井銀行及び東洋信託銀行に対する第一コーポ株の譲渡は、他の金融機関等と同程度の株式を三井銀行及び東洋信託銀行にも保有してもらい安定株主を増やすとともに、将来にわたる当該銀行との円滑な取引を期待してなされたという側面があることを否定しきれないのであって、必ずしも、通常の株式の譲渡と同様の条件で譲渡が行われたものではないと考えられる。
また、一株当たり一二〇〇円という第一コーポの株価の算定の根拠となっているのは、純資産価格方式と最近二事業年度の平均当期利益による収益還元方式であるが、野村證券において実際に行われた純資産価額方式による算定では、簿価により純資産額が算定されており、含み益が算定の基礎に含まれていない。実際上、三井銀行新宿新都心支店の試算によれば、第一コーポには四八六億四七〇〇万円もの含み資産があるとされていることからすれば、野村證券の行った純資産価額方式による算定では、第一コーポの株式の価額が時価より低く算定されていることを否定できず、その算定に係る価額をもって適正な価額ということはできない。
しかも、発行価額算定書においては、第一コーポの株式の価格の算定の基礎として同社の第二二期（昭和五八年九月一日から昭和五九年八月三一日）、第二三期（昭和五九年九月一日から昭和六〇年八月三一日）という古い事業年度の資本合計及び当期利益が使われており、また、売却資料においても、右株式の算定の基礎として同社の第二四期（昭和六〇年九月一日から昭和六一年三月三一日）の資本合計が使われている。これに対し、前記２（二）に認定したとおり、第一コーポの第二四期ないし第二六期の資本合計及び当期利益はそれぞれ、第二四期について、四七億二〇〇〇万三八六〇円、七億〇四〇三万四〇三〇円、第二五期（昭和六一年四月一日から昭和六二年三月三一日）について、六〇億五一一九万二一三七円、一四億二七九一万五六七七円、第二六期（昭和六二年四月一日から昭和六三年三月三一日）について、七六億六二四五万三四八五円、一九億三九五二万一三四八円であることが認められ、それぞれ第二二期、第二三期に比べて大幅に増加していることからすると、発行価額算定書及び売却資料における計算の基礎となっている資本合計及び当期利益は、昭和六二年三月前後のものとは大きく隔絶しており、したがって、第二二期ないし第二四期の資本合計及び当期利益を基礎として算定されたその一株当たりの価額一二〇〇円をもって昭和六二年三月ころの適正な売買価格とするのは、不適切であるといわざるを得ない。
４ 以上からすると、原告会社が三井銀行らに売却した際の一株当たり一二〇〇円という価格は、適正な売買価格ということはできず、第一コーポの株式の価額の算定において、右の価格を基に算定することは不合理である。
三 争点２（二）（原告会社及び第一コーポの株式の価格の算定において、類似法人比準方式によることが合理的であるかどうか、また、被告らの行った算定が合理的であるかどうか）について
１ 所得税基本通達二三～三五共―九は、株式等の価額の算定方法について規定し、その(4)で、上場株式や気配相場のある株式等以外の場合には、イ 売買実例のあるものについては最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額により算出すること、ロ 売買実例のないものでその株式等の発行法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式等の価額があるものについては当該価額に比準して推定した価額により算出すること（類似法人比準方式）、ハ 右イ及びロに該当しないものについては、権利行使日等又は権利行使日等に最も近い日におけるその株式等の発行法人の一株又は一口当たりの純資産価額等を参酌して通常取り引きされると認められる価額により算出すること（純資産価額方式）と定めている。
本件においては、前記二で検討したとおり、適正と認められる売買実例は存在しない。一方、事業の種類、規模、収益の状況等が類似する法人があれば、通常、その株式の価格もほぼ近い値をとるものと考えられるから、適正と認められる売買実例がない場合に、類似法人比準方式により当該株価の適正な価額を算出することには合理性が認められる。前記の通達もこのことを明らかにしているものと解される。
２ ところで、被告らは、右の類似法人比準方式として、具体的には、評価通達一七九以下に定められている類似業種比準方式に準じて原告会社及び第一コーポの株式の一株当たりの価額を算定している。
<証拠略>によれば、被告らは、一株当たりの価額を算定するに際して、類似業種である昭和六二年分の不動産取引業標本会社一一社の株価等を基礎にしたこと、その標本会社の決定方法及び具体的な商号並びに平均株価等の算出方法は以下のとおりであることが認められる。
（一） 標本会社
(1) 日榮建設工業株式会社
(2) 三井不動産株式会社
(3) 東急不動産株式会社
(4) 阪急不動産株式会社
(5) 大和団地株式会社
(6) 住友不動産株式会社
(7) 小田急不動産株式会社
(8) 藤和不動産株式会社
(9) 有楽土地株式会社
(10) ニチモ株式会社
(11) 大京観光株式会社（なお、現在の商号は株式会社大京である。）
（二） 各業種目の標本会社の決定方法及び平均株価等の算出方法
(1) 全国の証券取引所に上場されている会社のうち、後記(5)のとおりに計算する一株当たりの配当金額、年利益金額及び純資産価額の三つの比準要素のうち、二要素以上が零である上場会社や上場されて間がなく前年一年間の平均株価が算定できない会社等を除外し、標本会社を決定する。
(2) 右(1)で標本会社とされた各上場会社を、日本標準産業分類を基に作成した通達上の業種目に分類する。分類は、課税庁が各標本会社の法人税の申告書又は税務調査により把握した当該事業年度の売上構成を基に、総売上高に対して五〇パーセントを占める業種目が何であるかにより行う。総売上高に対して単独で五〇パーセント以上を占める業種がない標本会社については、その合計が五〇パーセント以上となる複数の業種が何であるかに応じ、小分類若しくは中分類に設けられた「その他の」業種目又大分類である「その他の産業」の標本会社に含めることとする。
(3) 前記（一）記載の標本会社一一社は、右(1)の方法により算定された標本会社について、右(2)の方法による業種分類を行った結果、昭和六二年分の不動産取引業の標本会社に該当するとされたものである。
(4) 類似業種の各月の株価及び前年平均株価は、その業種に分類された標本会社の終値の月平均額及び前年の平均額（一株当たりの資本金の額を五〇円として計算した金額。）の単純平均による。
(5) 類似業種の一株当たりの配当金額、年利益金額及び純資産価額は、標本会社の申告書や決算書及び税務調査で把握した金額等に基づいて、評価通達一八三の(1)ないし(3)の定めに準じて計算した金額を業種目ごとに単純平均したものである。
３ 類似法人比準方式とは、当該株式等の発行法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式等の価額があるものについては当該価額に比準して推定した価額により算出するというものであるところ、前記２に認定した類似業種比準方式による標本会社の決定方法においては、事業の規模や収益の状況等が類似するかどうかについての考慮がされているとはいい難く、類似業種比準方式と類似法人比準方式とはやや趣を異にするものであるといわざるを得ない。そして、被告らの主張及び関係各証拠を総合しても、前記２（一）の標本会社一一社と原告会社及び第一コーポの各資本の金額、法人の総資産、従業員の数、売上金額、経常損益の状況等を比較検討し、標本会社が原告会社及び第一コーポの類似する法人に該当するとの判断をすることはできない。
したがって、本件において、原告会社及び第一コーポの株式の価額を算定するについて、類似法人比準方式によることはできないといわざるを得ない。
この点、被告らは、標本会社はいずれも上場会社であるところ、原告会社及び第一コーポの規模（資本金の額）及び収益の状況（売上金額）が上場会社に匹敵するものであることから、標本会社一一社が原告会社及び第一コーポの類似法人に該当する旨主張する。しかし、上場会社といえども、その規模及び収益の状況は様々であり、原告会社及び第一コーポが上場会社に匹敵する規模と収益の状況にあったとしても、それだけでは類似法人であると判断することはできないというべきである。被告らの右主張は、原告会社及び第一コーポが上場会社に匹敵するということをいうにすぎず、標本会社一一社との類似性を何ら主張するものではないのであるから、右主張を採用することはできない。
したがって、本件においては、類似法人比準方式によって原告会社及び第一コーポの株式の価額を算定することはできない。
４ 一方、有利な発行価額で新株等が発行された場合における有価証券の価額の算定方法について、法人税基本通達においては、同通達六―一―四に定めを置いているところ、非上場株式の場合については、その(3)において、同通達九―一―一一から九―一―一五（非上場株式について法人税法三三条二項の規定により評価損を計上する場合の期末の時価について取扱いを定めた規定）までに準じて合理的に計算される価額によることを定めている。右の法人税基本通達九―一―一四は、前記１の所得税基本通達二三～三五共―九の(4)とほぼ同様の規定を置いているところ、法人税基本通達九―一―一五は、同九―一―一四の特例として、評価通達一七八から一八九―六までの例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、その(1)及び(2)によることを条件としてこれを認める旨定めている。そして、原告会社及び第一コーポが評価通達一七八に定める大会社に該当することは当事者間に争いがないところ、評価通達一七九の(1)は、原則として、大会社の株式の価額は、類似業種比準方式によって評価し、納税義務者の選択により、一株当たりの純資産価額によって評価することができる旨定めている。
通達は上級行政庁が法令の解釈や行政の運用方針などについて、下級行政庁に対してなす命令ないし指令である（国家行政組織法一四条二項参照）から、国民に対して拘束力を有する法規とは異なるものである。しかしながら、租税実務においては、通達に基づく画一的な取扱いがされており、このような取扱いは、納税者間の公平、納税者の便宜、徴税費用の節減という見地からみて合理的なものというべきである。したがって、通達の定めが租税法規に照らして合理性を有する限り、当該租税法規の適用に当たっては、通達の定めに従った解釈、運用を行うのが相当である。
これを本件についてみるに、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)は、法人税基本通達六―一―四で準用する同通達九―一―一四とほぼ同様の規定を置いているが、所得税基本通達には、法人税基本通達九―一―一五に相当する通達は存在しない。
ところで、課税実務上、相続財産の評価の一般的な基準として評価通達が定められているところ、上場株式及び気配相場等のある株式以外の取引相場のない株式については、原則として、大会社に該当する会社の株式は、類似業種比準方式により、小会社に該当する会社の株式は、純資産価額方式により、中会社に該当する会社の株式は、類似業種比準方式と純資産価額方式の二つの方法を併用して評価するものとしている（評価通達一七八）。類似業種比準方式は、評価会社の配当金額、年利益金額及び純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）の各要素を評価会社と事業内容が類似する上場会社のそれらの平均値と比較のうえ、上場会社の株価に比準して評価会社の一株当たりの価額を算定する方法であり、純資産価額方式は、課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額及び評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除した金額を課税時期における発行済株式総数で除して一株当たりの価額を算定する方法である。我が国において、取引相場のない株式は、株式の圧倒的多数を占めており、その発行会社の規模は上場会社に匹敵するものから、個人企業と変わらないものまで千差万別であって、会社の株主の構成をみても、いわゆるオーナー株主といわれる株主のほか、従業員株主などの零細な株主が存在していることから、評価通達は、これらの実態を踏まえ、取引相場のない株式の価額について、合理的、かつ、その実態に則した評価を行うため、評価会社をその事業規模に応じて大会社、中会社、小会社に区分し、大会社においては類似業種比準方式を、小会社においては純資産価額方式を、中会社においてはその併用方式を、それぞれの会社の株式の評価に適用すべき原則的評価方式として定めるとともに、零細な株主に代表される「同族株主以外の株主等が取得した株式」については、原則的評価方式に代えて、特例的評価方式である配当還元方式により評価することとしているのである。思うに、上場会社に匹敵するような大会社の株式は、上場会社の株式の評価との均衡を図る必要があることから、類似業種比準方式を採用するのが合理的であると認められる。これに対し、個人企業とそれほど変わるところがない小会社の株式は、個人企業者の財産評価との均衡を図ることが合理的であり、しかも、そもそも株式は、会社資産に対する割合的持分としての性質を有し、会社の所有する総資産価値の割合的支配権を表象したものであり、株主は、株式を保有することによって会社財産を間接的に保有するものであり、当該株式の理論的・客観的な価値は、会社の総資産の価額を発行済株式数で除したものと考えられることに照らし、純資産価額方式を採用することは合理的であると認められる。また、評価通達一七九(1)は、大会社については、類似業種比準方式を原則としながら、納税者において純資産価額方式を選択した場合には、これを認めるものとしているが、これは、類似業種比準方式のみによって取引相場のない株式の価額を評価する場合には、有価証券市場における株価の値動きが投機的に高騰しているときに、それが直ちに市場性のない株式の評価額に反映されることになり不合理な結果を生ずることから、会社の純総資産の価額を発行済株式数で除して株式の客観的な価値を求める純資産価額方式を選択することを認め、評価の適正と安全を図ることを期したものということができる。そして、右のように評価方式の選択を認めることが合理性を有することは明らかというべきである。
法人税基本通達九―一―一五が、評価通達一七八から一八九―六までの例によって取引相場のない株式の評価を行うことを認めているのは、法人税基本通達九―一―一四に定められている一般的抽象的な評価方法だけで具体的に取引相場のない株式の時価を算定することは、多くの場合困難を伴うことが多いという事情があること、右評価通達の定めが取引相場のない株式の交換価値の評価方法として一般的に合理性を有するものであり、相続税課税と法人税課税との違いにより評価通達の定めるところと異なる評価方法又はこれに一部修正を加えた評価方法を採用すべき特別の事情がない限り、評価通達によっても、取引相場のない株式について十分適正な時価を求めることができると考えられることによるものであり、右の理は所得税に関しても同様にあてはまることである。加えて、取引相場のない株式の価額の評価について、法人税課税の場合と所得税課税の場合とでその方法が異なるとすると、当然に評価額に相違が生じ、ひいては納税者が法人であるか個人であるかによって、納税額に差異が生じ、納税者間の平等が害されることになるが、このようなことは課税上不合理といわなければならない。したがって、評価通達の定める評価方式が合理性を有する以上、所得税課税において、取引相場のない株式の評価をする場合においても、所得税基本通達二三～三五共―九の(4)のイ、ロに該当しない場合には、法人税基本通達九―一―一五に準じて、評価通達一七八から一八九―六までの例によって評価を行うことができるものと解するのが相当である。
前述したとおり、評価通達一七九の(1)は、本件のような大会社の場合には、原則として類似業種比準方式により、納税者の選択により純資産価額方式によることもできるものとされているところ、右評価通達の定めが合理性を有することは前述したとおりであり、本件においても、原告らは右の評価方式によることができるものというべきである。
四 争点２（三）（原告会社及び第一コーポの株式の価格を、純資産価額方式によって算定すべきとした場合に、法人税等相当額を控除すべきであるかどうか）について
１ 純資産価額方式によって株価を算定する場合について、評価通達一八六―二は法人税額等に相当する額を控除することを定めている。
しかしながら、本件のように、当該法人が存続することを前提として株式譲渡ないし新株の引受が行われた場合には、法人税等相当額を控除することは合理性を欠くものというべきである。そもそも、評価通達において法人税等相当額を控除するものとしている趣旨は、株主は、株式の所有を通じて会社の資産を所有することとなるが、個人事業主がその事業用資産を直接所有するのとは、その所有形態が異なるため、両者の事業用財産の所有形態を経済的に同一の条件の下に置き換えた上で評価の均衡を図る必要があるからであり、相続の場合には、当該法人を清算して相続税を納付することもあり得ることや事業承継を円滑に行わせる必要があることから、法人税等相当額を控除することによって、納税者に有利な評価をする合理性が認められるが、法人の存続を前提として当該法人の株式が取引される場合には、当該法人を清算するようなことは予定されていないのであり、また、相続による企業承継を考慮する必要がないのであるから、そのような場合には、法人税等相当額を控除することの合理性が認められないからである。
２ この点、原告らは、法人税基本通達九―一―一五が評価通達一八六―二を準用しているところ、純資産価額方式による株価の算定方法については、評価通達一八六―二において法人税等相当額の控除が認められていることからすれば、本件においても法人税等相当額が控除されるべきであると主張する。
しかし、有利な発行価額で新株等が発行された場合における有価証券の価額の評価について規定している法人税基本通達六―一―四は、有価証券の評価損における株価の算定方法を定めた同通達九―一―一一から九―一―一五までを準用するに際して、「合理的に計算される価額」との留保をつけており、法人税等相当額を控除することが不合理であることは前記１記載のとおりである。
また、同通達九―一―一五は、有価証券の評価損における株価の算定方法を定めたものであるところ、資産の評価損の計上ができる場合は、内国法人の有する資産につき災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより、当該資産の価値がその帳簿価額を下回ることとなった場合に限られ（法人税法三三条二項）、右の政令で定める事実として、法人税法施行令六八条二号は、有価証券に関しては、証券取引所において上場されていない有価証券及び証券取引所において上場されている有価証券で企業支配株主に該当するものについて、その有価証券を発行する法人の資産状態が著しく悪化したため、その価額が著しく低下したこと（同号ロ）、内国法人について会社更生法若しくは金融機関等の更生手続の特例等に関する法律の規定による更生手続の開始決定又は商法の規定による整理開始の命令があったことによりその有価証券につき評価換えをする必要が生じたこと（同号ハ）等を掲げている。このように、有価証券の資産の評価損を計上する場合は、いずれも、当該有価証券を発行している法人の経営状態が悪化したような場合に限られているのであり、そのような場合には、もはや当該法人の存続を前提として有価証券等の価額を算定することは合理的ではなく、当該法人の有する資産を清算した場合を想定して価額を算定することが合理的であるというべきであるから、同通達九―一―一五が、有価証券の評価損における株価の算定方法について、評価通達一八六―二に従って法人税等相当額を控除することを認めているからといって、本件のような譲渡された株式ないし新株として引き受けられた株式の価額の算定に当たっても、法人税等相当額を控除すべきであるということにはならない。
五 争点２（四）（各評価時点における原告会社及び第一コーポの一株当たりの時価はいくらか）について
１ 前記二ないし四で説示したとおり、第一コーポの一株当たりの時価及び原告会社の一株当たりの時価を評価するについては、法人税基本通達九―一―一五に準じて、評価通達の定めるところに従い、類似業種比準方式による評価と純資産価額方式による評価の選択が認められるべきであり、右の純資産価額方式においては法人税相当額の控除をしないで価額を算定すべきである。そして、具体的には、右二つの評価方式により算定される価額のいずれか低い方をもって、第一コーポの一株当たりの時価及び原告会社の一株当たりの時価とするのが相当である。
２ 被告らの行った類似業種比準方式による株式の価額の算定方法は、別紙五<略>記載のとおりであり、本件における具体的な計算過程及び標本会社とされている一一社の決定方法及び平均株価等の算出方法は前記第二の四（被告らの主張）（三）及び前記三２記載のとおりである。
被告らは、評価通達は、類似業種比準方式により評価する場合の<１>類似業種の株価（別表２<略>）及び<２>評価対象となる株式発行法人の一株当たりの利益金額の計算（別表４<略>）において、いずれも納税者が選択した場合は、右<１>の金額を課税時期の前年の平均株価とすること（評価通達一八二）、同じく<２>の金額を直前期末以前二年間の課税所得金額を基礎に求めること（評価通達一八三(2)）を認めているところ、本件における株式の評価に当たっては、右のような選択を排除して求めるのが相当であるとして、<１>の金額を課税時期以前三か月の株価の最低額により、<２>の金額を課税時期時点の金額として算定している。
しかしながら、評価通達一八二が、右<１>の金額を課税時期の前年の平均株価とすることを認めているのは、類似業種の株価の一時的な変動による影響を緩和し、また、別に各年ごとに定める類似業種の三つの比較要素（配当、利益、簿価純資産）が標本会社の前年の数値によって計算されることとの関連を考慮して、前年の平均株価を選択できることとしたものであると解されるところ、上場株式は、投機的な要素等によってその価格が当該会社の業績等とは無関係に短期間で上下する危険性があることを否定できないから、右のような方法により安定した株式評価が得られることになり、また、他の比較要素（配当、利益、簿価純資産）が標本会社の前年の数値によって計算されることとの整合性もとれるから、右のような算定方法には合理性があるというべきである。かかる安定した評価及び他の比較要素との均衡は、相続税における財産評価のみならず、所得税の課税における株式の評価にも妥当するというべきであるから、右<１>の金額を算定するには、課税時期の前年の平均株価によるべきであり、被告らの主張するような算定方法に合理性を認めることはできない。
また、評価通達一八三(2)が、右<２>の金額を直前期末以前二年間の課税所得金額を基礎に求めることを認めているのは、特定の事業年度のみの配当金額を採用することによる評価の危険性を排除し、ある程度の期間における配当金額を平均することによって通常的な配当金額を求め、その配当金額を上場株式のそれと比較することによって安定性のある評価を行おうとするものであると解されるところ、特定の事業年度のみ配当額が大きい場合に、その配当額を基礎とすると、当該会社の実態を正確に反映するものとはいえないのであるから、そのような場合には前年の配当額との平均化を図ることには合理性があるというべきである。特定の事業年度のみ配当額が大きい場合に、その配当額を基礎とすることによる不都合性は、相続税における財産評価のみならず、所得税の課税における株式の評価にも妥当するというべきであるから、右<２>の金額を算定するには、直前期末以前二年間の課税所得金額を基礎に求めるべきであり、被告らの主張するような算定方法は不合理というべきである。
標本会社の決定方法並びに右の二点以外の算定方法及び平均株価等の算出方法は合理的なものといえる。そこで、被告らのした類似業種比準方式による算定方法に、右の二点の修正を加えると、各評価時点における原告会社及び第一コーポの株式の一株当たりの価額は、次のとおりとなる（その具体的な計算過程は、別表10<略>記載のとおりである。）。
（一） 原告会社
(1) 昭和六二年三月期 四八二三円
(2) 昭和六二年五月期 七五八〇円
（二） 第一コーポ
昭和六二年三月期 五九八四円
３ 次に、原告の主張する資産の評価額等を基礎にして純資産価額方式により原告会社及び第一コーポの株式の一株当たりの価額を求めると、次のとおりとなる。
（一） 原告会社
原告らの自認する原告会社の資産及び負債を時価評価した場合の評価額等は次のとおりであり、これを前提に一株当たりの評価額を算出すると、別表11<略>記載のとおり、昭和六二年三月時点及び同年五月時点のいずれにおいても、九三〇九円となる。
(1) 資産の部 二一六七億一六七五万三〇〇〇円
(2) 負債の部 一八〇九億七九四三万七〇〇〇円
(3) 差引純資産額 三五七億三七三一万六〇〇〇円
（二） 第一コーポについて
原告行雄及び原告会社の自認する第一コーポの資産及び負債を時価評価した場合の評価額は、次のとおりであり、これを前提に一株当たりの評価額を算出すると、別表12<略>記載のとおり、四七七八円となる。
(1) 資産の部 三三三八億六二二三万二〇〇〇円
(2) 負債の部 三一二四億九七四一万八〇〇〇円
(3) 差引純資産額 二一三億六四八一万四〇〇〇円
４ 前記１記載のとおり、本件においては、類似業種比準方式により算定した場合と純資産価額方式により算定した場合とのいずれか低い評価額をもって当該株式の評価額とすべきであるから、評価額は、次のとおりとすべきである。
（一） 原告会社
(1) 昭和六二年三月期 四八二三円
(2) 昭和六二年五月期 七五八〇円
（二） 第一コーポ
昭和六二年三月期 四七七八円
５ なお、被告らは、原告らの主張する純資産評価額の算定が不合理である旨を主張するが、後記六に照らしてみれば、右３記載の評価額を前提として計算される原告行雄及び原告俊行の昭和六二年所得金額、納付すべき税額、原告会社が第一コーポ株の低額譲渡により原告行雄に支給したとみなされる賞与の額及びこれに対する源泉徴収税額は、本件更正処分等に係る右各金額を上回ることが明らかであるから、本件更正処分等が適法であることに変わりなく、したがって、被告らの右主張については判断の限りでない。
六 本件更正処分等の適法性
本件新株の引受に係る所得の帰属先がどこかについては前記一に説示したところに基づき、また、原告会社及び第一コーポの株式の評価方法については前記二ないし四に説示したとおり、類似業種比準方式と純資産価額方式（法人税等相当額を控除しない方式）の選択を認め、そのいずれか低い金額によるものとし、実際の価額については、前記五の４で認定した原告会社及び第一コーポの一株当たりの価額、すなわち、原告会社の一株当たりの価額は類似業種比準方式により算定される昭和六二年三月期四八三二円、同年五月期七五八〇円、第一コーポの同年三月期の一株当たりの価額は原告の自認する資産の評価額等を基礎にして純資産価額方式（法人税等相当額を控除しない方式）により算定される四七七八円を採用することとし（これらの価額は国税不服審判所長が本件裁決で認定した価額と同額である。）、他は、第二の二記載の被告ら主張の原告行雄及び原告俊行の昭和六二年分の所得金額、納付すべき税額、原告会社の納付すべき同年三月分の支払給与に係る源泉徴収税額の算定の根拠のうち当事者間に争いがない部分を総合して（なお、原告行雄のＤＦＣに対する原告会社の株式の譲渡時の一株当たり時価は、原告会社の同年五月期の一株当たりの価額七五八〇円から配当期待権の額を控除した金額とするのが相当であるところ、原告行雄が原告会社の昭和六二年三月期の株主配当金として受領した金額（一株当たりの配当金額は新株二円六〇銭、旧株五〇円）から源泉徴収されるべき所得税の額に相当する額を控除し、その残額を原告行雄の保有株式数（二〇八万〇二〇〇株）で除して右配当期待権の額を算定すると、その額は四円となるものと認められる（前記一の１の認定事実、<証拠略>）。）、原告行雄及び原告俊行の昭和六二年分の所得金額、納付すべき税額、原告会社が第一コーポの株式の低額譲渡により原告行雄に支給したとみなされる賞与の額及びこれに対する源泉徴収税額を計算すると、それぞれ別紙一―二<略>の「行雄原処分欄」、別紙二―二<略>の「俊行原処分欄」、別紙三―二<略>の「本件告知処分等」の欄記載のとおりとなる。しかして、右各金額は本件更正処分等に係る所得金額、納付すべき税額、源泉徴収税額と同額であるから、本件更正処分等は適法である。
したがって、その余の点について判断するまでもなく、原告行雄の主位的請求及びその余の原告らの請求はいずれも理由がないというべきである。
七 争点３（原告行雄の予備的請求に係る本件訴えのうち、行雄更正処分の申告額以下について取消しを求める部分が適法な訴えであるかどうか）について
１ 所得税は、納税者の申告によって確定するのが原則であり（所得税法一二〇条参照）、申告又は更正に係る課税標準等又は税額等が過大であるとき、申告又は更正等に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき等には、納税者において一定期間に限り更正の請求を行うことができるものとされている（通則法二三条等）。右のとおり、納税者が申告の内容を自己に有利に変更することを求めるについては、更正の請求という排他的な救済手続が定められ、しかも一定の期間制限が設けられているのであって、このことからすれば、申告に同条項等の定める更正の請求の原因となる事由がある場合には、納税者は通則法二三条等の定める手続に従って更正の請求を行うべきであり、更正処分の取消訴訟において、申告に係る課税標準等及び税額等以下の部分についてまでの取消しを求めることは許されず、その部分については、取消しを求める訴えの利益がないものというべきである。
２ これを本件についてみるに、前記第二の一７（一）記載のとおり、原告行雄は、昭和六二年分の確定申告として、総所得金額九八〇四万八二二九円、分離長期譲渡所得の金額六六九三万九八五三円、納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円とする旨の申告をしていることは、当事者間に争いがない。
そうすると、行雄更正処分のうちの還付金に相当する金額七二八三万八二三七円を超える部分の取消しを求める予備的請求は、納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円以下について取消しを求める部分について訴えの利益を欠き、不適法なものである。
これに対し、原告らは、右のような訴えが適法であるとしてるる主張するが、いずれも独自の見解に基づくものであり、採用することができない。
３ そうすると、原告行雄の予備的請求で残るのは、行雄更正処分のうち納付すべき税額一〇〇一万二九〇〇円を超える部分の取消しを求める請求のみとなるが、右請求部分は主位的請求と同一であり、本訴で重ねて同じ請求をする必要性は認められない。したがって、原告行雄の予備的請求に係る訴えはすべて不適法といわざるを得ない。
第四結論
以上の次第で、原告行雄の主位的請求及びその余の原告らの請求は、いずれも理由がないからこれを棄却し、原告行雄の予備的請求に係る本件訴えは不適法であるからこれを却下することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法七条、民事訴訟法六一条、六五条一項本文を適用して、主文のとおり判決する。
（裁判官 青柳馨 谷口豊 加藤聡）
（別紙・別表略）